作者LIAR (墮天使)
看板Biotech
標題Re: [求救] protein database對應2D PAGE的問題
時間Mon Aug 4 23:08:19 2008
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
: ◆ From: 123.192.40.98
: 推 david31408:看要不要用抗體夾夾看?? 08/02 21:44
: 推 muchmoa:直接查比對到的但白質是不是有subunit就好了吧？有的話 08/03 21:29
: → muchmoa:基本上就是了吧，還有啊...為何會有很多高分的candidate啊 08/03 21:30
: → muchmoa:啊？不夠專一嗎？挖到其他點嗎？我在使用Mascot時都不會設 08/03 21:31
: → muchmoa:定分子量和pI，這樣分數會比較高，你可以試試其他DB，說 08/03 21:32
: → muchmoa:不定可以直接match到其subunit 08/03 21:33
其實這是我暑假實驗課的內容，所以不可能往下作抗體或是重跑一張2D，
我必須用這僅有的資訊得到最好的答案。
高分啊...比起pI和分子量OK的那個candidate來說，其他我都覺得很高囉！不過即使
如此，高分的coverage也不到15%，實在很難往下猜啊。
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太初有道，道與耶和華同在，道就是耶和華。這道太初與耶和華同在。
萬物乃藉祂所造，凡被造的沒有一樣不是藉著祂所造的。生命在祂裡頭，
這生命就是人的光。光照在黑暗裡，黑暗卻不接受光。
吾輩乃生於黑暗，行於黑暗。因神之指引，行向光明；又因撒旦誘惑，回歸黑暗。
我不斷地徘徊於光明與黑暗之間，從被造之日至今，又自今直到那審判之日的來臨。
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◆ From: 123.192.40.98
1F：→ tsubasawolfy:coverage要看protein大小 ... 08/04 23:10
2F：→ tsubasawolfy:然後..2D是個神奇的東西=3= 同個人同sample同機器 08/04 23:10
3F：→ tsubasawolfy:都會有不同的結果=3= 08/04 23:10
4F：推 tsubasawolfy:補完第一個推文好了...coverage只是參考用 不要太迷 08/04 23:13
5F：→ tsubasawolfy:信他 100kD以上有15%就不錯了- - 還要考量到實驗新手 08/04 23:14
6F：→ tsubasawolfy:操作過程中的一堆誤差...所以我覺得硬要去解釋打到的 08/04 23:15
7F：→ tsubasawolfy:protein是啥有點牽強(個人意見) 08/04 23:16
8F：推 muchmoa:我的高分是指有超出random match的區域喔，應該不多吧? 08/05 09:28