作者LIAR (墮天使)
看板Biotech
標題[求救] protein database對應2D PAGE的問題
時間Fri Aug 1 23:29:18 2008
這次實驗我取的是21~31kD之間的點做in gel digestion，跑LC/MS/MS後對Mascot，
再除掉keratin後，有很多高分的candidate，Sequence coverage也夠高，
問題就在那一些的分子量都有50kD以上。
如果真的用2D的等電點和分子量對，candidate當場掉到只剩兩個，
而且coverage不到10%，所以要優先判斷是這兩個candidate也很沒說服力。
假如一個protein有好幾個peptides(ex:insulin)，在SDS和DTT作用後應該都已經
被拆光，這時候跑SDS應該分子量會降低。
如果這時跑完LC/MS/MS後對Mascot database，candidate顯示的是只有那一條
peptide的sequence和分子量，還是native form的sequence和分子量呢？
如果真的顯示的是native form的資訊，那2D上的等電點和分子量不就完全沒意義
了嗎？這時要如何有效率的判斷呢？
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太初有道，道與耶和華同在，道就是耶和華。這道太初與耶和華同在。
萬物乃藉祂所造，凡被造的沒有一樣不是藉著祂所造的。生命在祂裡頭，
這生命就是人的光。光照在黑暗裡，黑暗卻不接受光。
吾輩乃生於黑暗，行於黑暗。因神之指引，行向光明；又因撒旦誘惑，回歸黑暗。
我不斷地徘徊於光明與黑暗之間，從被造之日至今，又自今直到那審判之日的來臨。
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 123.192.40.98
1F：推 david31408:看要不要用抗體夾夾看?? 08/02 21:44
2F：推 muchmoa:直接查比對到的但白質是不是有subunit就好了吧？有的話 08/03 21:29
3F：→ muchmoa:基本上就是了吧，還有啊...為何會有很多高分的candidate啊 08/03 21:30
4F：→ muchmoa:啊？不夠專一嗎？挖到其他點嗎？我在使用Mascot時都不會設 08/03 21:31
5F：→ muchmoa:定分子量和pI，這樣分數會比較高，你可以試試其他DB，說 08/03 21:32
6F：→ muchmoa:不定可以直接match到其subunit 08/03 21:33