作者LIAR (堕天使)
看板Biotech
标题[求救] protein database对应2D PAGE的问题
时间Fri Aug 1 23:29:18 2008
这次实验我取的是21~31kD之间的点做in gel digestion，跑LC/MS/MS後对Mascot，
再除掉keratin後，有很多高分的candidate，Sequence coverage也够高，
问题就在那一些的分子量都有50kD以上。
如果真的用2D的等电点和分子量对，candidate当场掉到只剩两个，
而且coverage不到10%，所以要优先判断是这两个candidate也很没说服力。
假如一个protein有好几个peptides(ex:insulin)，在SDS和DTT作用後应该都已经
被拆光，这时候跑SDS应该分子量会降低。
如果这时跑完LC/MS/MS後对Mascot database，candidate显示的是只有那一条
peptide的sequence和分子量，还是native form的sequence和分子量呢？
如果真的显示的是native form的资讯，那2D上的等电点和分子量不就完全没意义
了吗？这时要如何有效率的判断呢？
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太初有道，道与耶和华同在，道就是耶和华。这道太初与耶和华同在。
万物乃藉祂所造，凡被造的没有一样不是藉着祂所造的。生命在祂里头，
这生命就是人的光。光照在黑暗里，黑暗却不接受光。
吾辈乃生於黑暗，行於黑暗。因神之指引，行向光明；又因撒旦诱惑，回归黑暗。
我不断地徘徊於光明与黑暗之间，从被造之日至今，又自今直到那审判之日的来临。
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◆ From: 123.192.40.98
1F：推 david31408:看要不要用抗体夹夹看?? 08/02 21:44
2F：推 muchmoa:直接查比对到的但白质是不是有subunit就好了吧？有的话 08/03 21:29
3F：→ muchmoa:基本上就是了吧，还有啊...为何会有很多高分的candidate啊 08/03 21:30
4F：→ muchmoa:啊？不够专一吗？挖到其他点吗？我在使用Mascot时都不会设 08/03 21:31
5F：→ muchmoa:定分子量和pI，这样分数会比较高，你可以试试其他DB，说 08/03 21:32
6F：→ muchmoa:不定可以直接match到其subunit 08/03 21:33