strong choatropic agents（要怎麼翻譯阿？）常見的包括了urea、guanidine HCl等 通常搭配一些reducing agent（如:2-ME、DTT）可以有效的進行protein denaturation 因此想來問問有接觸過urea或guanidine HCl的版友 一些相關問題 實驗材料為Halobacterium 為高鹽古細菌 原核但不具有細菌的細胞壁 1.我只單純想要進行denaturation 而不進行renaturation或degradation 目的是希望能夠去除DNA上的binding proteins 之後將會通過anion exchange chromatographic column 目前是使用QIAGEN genomic-tip的column和protocol QIAGEN Genomic DNA Handbook (protocol下載) http://www1.qiagen.com/literature/handbooks/literature.aspx?id=1000216 其中使用大約0.8M的guanidine HCl(GuHCl)進行deproteinizing（50度 一小時） 之後再通它的genomic-tip column（anion exchanger） 但是目前發現deproteinizing效果不好 抽出的DNA還是有protein殘留 參考各書籍大多用6M GuHCl進行denaturation 而且QIAGEN protocol中的deproteinizing buffer不含有reducing agent 由於實驗需要 必須不degrade proteins的情況下 抽出不含proteins的DNA 並且不用phenol/chloroform的方法 所以目前打算使用高濃度的choatropic agent和reducing agent進行去除蛋白質 原本打算用6M GuHCl+ 1mM DTT進行deproteinizing 但是看一些網站討論說GuHCl因為會解離成陰陽離子而干擾離子交換進行 所以不知道是否有網友曾用過6~8M Urea進行protein denaturation， 並進行接下來的離子交換呢？有沒有什麼心得和經驗可以分享的？ 2.由於我實驗的sample有用formaldehyde進行DNA-protein cross-linking實驗 (ChIP) 不知道實驗使用這些strong chaotropic agents (urea、GuHCl) 是否會與cross-linking (covalent bridges)進行反應而導致reverse？ 即使是極為微小的資訊對我來說都是莫大的幫助 如果您願意提出意見 我將感激不盡 --

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