作者note0817 (期待...)
看板Biotech
標題[問題] 序列比對問題
時間Wed Sep 12 14:32:01 2007
請問在比對序列時，有辦法直接給一個序列去資料庫尋找，
然後找到跟它同源性高的序列，而且直接將這些序列放在
一起比對嗎?
例如:
A菌(我提供之序列)DFGAY ASFTG SDFGY................
B DTVGB HJMKU SDFGH................
C IUKKJ UYTIU IUYKJ................
. .................................
. .................................
Z .................................
(B~Z為與A相同之酵素只是來源不同，後面殘基純粹亂打)
我最多只能看到
A與B比，A與C比，A與Z比等...
而我想要的是ABCDE....Z一起比!
希望大家看的懂= =
請問有高手可以幫忙解答嗎?
感激不盡
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.121.156.71
1F：推 oxoox:你要比的是蛋白質還是DNA 我只知道比DNA的 09/12 20:57
2F：推 runpapa0520:BLAST完，你得自己把分數最高的存一存吧，再用軟體比 09/12 21:32
3F：推 lingon:BLAST, take the top hits and do MSA by clustalw 09/13 00:02
4F：推 note0817:我是想說有沒有一步驟就能完成的~看來是沒有!感謝! 09/13 09:59
5F：推 note0817:那請問怎樣叫做分數高? 09/13 10:04
6F：推 elgase:score值,相似度越高數值越大 09/13 10:05
7F：推 mzac1b:看起來好像你要做multiple sequence aligment? 09/14 19:58