※ 引述《ronall (暱稱小公主的!扣十分先)》之銘言： 稍微修飾一下 文章會更完美 : 就我所知的說一夏 : 我是化學所的生化組 : 我做的是蛋白研究 : 理論上而言 : 我盡可能希望獲的蛋白的NMR圖譜 : 因為NMR適用於水溶液的環境 : 對於bio而言 : 這點是非常重要的關鍵 : 因為僅有在這樣的條件下 : 才能說是看見蛋白在生物體中的真實結構 首先 沒有一個很嚴謹的結構生物學家會那麼肯定說他所解出的結構 就是生物體中的真實結構 無論是 X-ray, NMR, EM 都是在in vitro 的條件 且各有其嚴苛的條件下所做出的結構 這些離生物環境都很遠 做cell bio 或 biochem 的人也很少說他們做的就是為 in vivo的真實情況 : 而X-Ray : 在檢測前有個前提 : 就是必須養晶 : 無論是哪種蛋白 : 通常在養晶時必須加入一些重金屬作為晶核 : 或是與蛋白敖合形成晶種 : 即便有不加入重金屬而養晶的方式 : 都無法比NMR方式肯定的說 : 這是在生物體中較為真實的存在結構 : 但NMR檢測也是有缺點的 : 就是必須相較於X-Ray而言 : 必須要有相當程度的濃度才能檢測 X-ray 所須濃度與 NMR 所須濃度是 case by case 都不低 難比誰高誰不高 : 而通常 : 我們盡可能使用N label (N同位素標定)的方式檢測 : 但是硬是要養出被同位素標記的蛋白通常都是不容易的 : 因為是屬於強迫性的方式供給菌種極為少量的養分 : 迫使菌種吸收同位素生產蛋白 : 因此產率通常都很低 : 此外 : 蛋白是種大型分子 : 因此通常低磁場的NMR圖譜是不能看的 : 在我的實驗室中 : 都是送到我學校的NMR 600MHz 貴儀中心進行2D NMR檢測 : (國內學校單位有這樣的機型的不多見) 國內 800MHz 就 NCHU 與 GRC 吧 : 而X-Ray在樣品的製作上是容易的許多 ......................... : 解析通常也不錯 : 但是唯一為人所詬病的就是 : 這樣的結構並不是存在於水溶液環境底下的 protein crystallization 並非是不含水的 蛋白質晶體晶格中常含有 30~70% 水分子 只是有些 PDB file 中省略掉了 甚至可以說蛋白質結晶是固像的水溶液的 沒有水的蛋白質結構不大可能是正確的 peptide 一定跟水有某方面的作用力 是否為水溶液並非 X-ray 問題的核心 真正有問題的 當然有時蛋白質結晶在較嚴苛環境下 (如高鹽, 較極端 pH 質...等等) 結構可能與生理有些出入-----------* 但只要有結構 仍有其參考度的存在 此外 常常有 map 不見的情況發生 這些 map 不見的區域也常為蛋白質有其 function 重要的區塊 當然 dynamic 狀態 information 不足也為其 X-ray 結晶學的重要缺點 當然還有很多很多問題 就不一一說明 *注 : 這句話也為一個伄詭 既然沒人能說何為生理環境的真實面貌 當然也只能以現有 data 為解釋 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 早期認為若把所有生物分子結構解出來 生物學就到底了 其實很多問題的開端 正是等結構解出來了後才又蹦出一堆來 生物分子的交互作用 四級結構的變化 post-translational modification 條控 等一堆都還要各領域的投入 結構只是工具 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 還有 即便是結構的 paper , 也不要全信 paper 內所提的所有論點 雖說做結構的人會說眼見為評 但同一個結構 不同的解釋有時會差的天差地遠的 光我們自己發表的結構 內部就有不同的意見 這些很多在文中都不會說的 --

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