※ 引述《ronall (昵称小公主的!扣十分先)》之铭言： 稍微修饰一下 文章会更完美 : 就我所知的说一夏 : 我是化学所的生化组 : 我做的是蛋白研究 : 理论上而言 : 我尽可能希望获的蛋白的NMR图谱 : 因为NMR适用於水溶液的环境 : 对於bio而言 : 这点是非常重要的关键 : 因为仅有在这样的条件下 : 才能说是看见蛋白在生物体中的真实结构 首先 没有一个很严谨的结构生物学家会那麽肯定说他所解出的结构 就是生物体中的真实结构 无论是 X-ray, NMR, EM 都是在in vitro 的条件 且各有其严苛的条件下所做出的结构 这些离生物环境都很远 做cell bio 或 biochem 的人也很少说他们做的就是为 in vivo的真实情况 : 而X-Ray : 在检测前有个前提 : 就是必须养晶 : 无论是哪种蛋白 : 通常在养晶时必须加入一些重金属作为晶核 : 或是与蛋白敖合形成晶种 : 即便有不加入重金属而养晶的方式 : 都无法比NMR方式肯定的说 : 这是在生物体中较为真实的存在结构 : 但NMR检测也是有缺点的 : 就是必须相较於X-Ray而言 : 必须要有相当程度的浓度才能检测 X-ray 所须浓度与 NMR 所须浓度是 case by case 都不低 难比谁高谁不高 : 而通常 : 我们尽可能使用N label (N同位素标定)的方式检测 : 但是硬是要养出被同位素标记的蛋白通常都是不容易的 : 因为是属於强迫性的方式供给菌种极为少量的养分 : 迫使菌种吸收同位素生产蛋白 : 因此产率通常都很低 : 此外 : 蛋白是种大型分子 : 因此通常低磁场的NMR图谱是不能看的 : 在我的实验室中 : 都是送到我学校的NMR 600MHz 贵仪中心进行2D NMR检测 : (国内学校单位有这样的机型的不多见) 国内 800MHz 就 NCHU 与 GRC 吧 : 而X-Ray在样品的制作上是容易的许多 ......................... : 解析通常也不错 : 但是唯一为人所诟病的就是 : 这样的结构并不是存在於水溶液环境底下的 protein crystallization 并非是不含水的 蛋白质晶体晶格中常含有 30~70% 水分子 只是有些 PDB file 中省略掉了 甚至可以说蛋白质结晶是固像的水溶液的 没有水的蛋白质结构不大可能是正确的 peptide 一定跟水有某方面的作用力 是否为水溶液并非 X-ray 问题的核心 真正有问题的 当然有时蛋白质结晶在较严苛环境下 (如高盐, 较极端 pH 质...等等) 结构可能与生理有些出入-----------* 但只要有结构 仍有其参考度的存在 此外 常常有 map 不见的情况发生 这些 map 不见的区域也常为蛋白质有其 function 重要的区块 当然 dynamic 状态 information 不足也为其 X-ray 结晶学的重要缺点 当然还有很多很多问题 就不一一说明 *注 : 这句话也为一个伄诡 既然没人能说何为生理环境的真实面貌 当然也只能以现有 data 为解释 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 早期认为若把所有生物分子结构解出来 生物学就到底了 其实很多问题的开端 正是等结构解出来了後才又蹦出一堆来 生物分子的交互作用 四级结构的变化 post-translational modification 条控 等一堆都还要各领域的投入 结构只是工具 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 还有 即便是结构的 paper , 也不要全信 paper 内所提的所有论点 虽说做结构的人会说眼见为评 但同一个结构 不同的解释有时会差的天差地远的 光我们自己发表的结构 内部就有不同的意见 这些很多在文中都不会说的 --

※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc) ◆ From: 219.68.74.112