作者leondemon (狗狗)
看板Biotech
標題[問題] Real-time PCR的三重複
時間Fri Aug 31 00:42:40 2007
三重複的意義何在???
為什麼要做三重複???
三重複要怎麼做???
最近因為這個問題,跟我很在意的人鬧得有點不愉快
因此想聽聽這邊的前輩的解答。
我說說我的看法。
我覺得三重複的意義,在於要確定每次的做出來的結果是一致的。
應該說,任何實驗,都要確定其「再現性」,才能說這個結果是有意義的。
因此,我有看過講究一點的paper,他們有測試同樣的reaction在不同時間上機,
來確保機器在不同的時候上機,其結果會有差異。
而我覺得三重複的配法,應該是要除了cDNA以外的reagents先混合配好加入各well中,
然後再取三次cDNA,分別加入三個reaction中,證明每次取的cDNA都能做出一致的結果。
因為PCR反應中,cDNA的初始濃度,應該是影響結果差異的最主要原因,
所以針對cDNA做不同的三次加入的三重複,來確定人員沒有操作失誤,
而除了cDNA以外的reagents先mix在一起,是要做到「在相同環境下,測試一個可能變數」
所以如果做出來的擴增曲線是重疊的,那表示三次的操作都沒問題,
若是有一條沒重疊,表示那次的pipetting可能有問題,於是排除該數據;
若是三條都沒重疊,則表示結果不一致(無再現性),因此該組數據都不能用。
上面是我的看法,但是我聽到有人的三重複作法跟我不同。
他們是將所有的試劑混合在一起,這包括了cDNA、primer、和SYBR GREEN master mix,
混合好後,直接分裝到三個well中,然後跑出來的擴增取線很完美的重疊。
可是我卻覺得這樣做已經失去了「三重複」的含意,
只是為了做「三重複」而做的「三重複」。
因為他們從tube裡面只取了一次cDNA到整個mixture中,
這樣的三重複,就不能證明,「下次再做一樣的實驗,擴增曲線會是一樣的情形」
因為他們沒有做「不同次數抽取cDNA時,其擴增曲線是一樣的」
畢竟cDNA的初始濃度稍有不同(可能是pipetting或人員操作技術導致),
其結果可能就會有明顯差異。
我覺得他們那樣的作法,只是把「同一個reaction,在同一台機器上跑三次」
能證明的,頂多只有「這台機器很穩定,因為在不同的well位置,其熱循環結果一致」
可是要證明這個做什麼呢? 這不是這台機器「基本」應該具備的條件嗎?
對每個reagent只有做一次pipetting,那要如何表示這個反應的「再現性」?
根據我的實驗經驗和speciallist的指導,
要降低cDNA的pipetting error,最好的方式就是先稀釋整個cDNA來源,
充分混合均勻(vortex & spin down)後,再取cDNA加入各reaction中。
這樣可以使原本可能只要加 0.5 ul的cDNA,變成加入 5 ul(因為cDNA稀釋10倍),
這樣pipetting時,一些的些微誤差,會因為取的體積變大而降低變異係數(差異百分比)
我想聽聽看各位前輩對這兩種三重複作法,有什麼樣的見解?
哪一種方法是正確的? 還是兩種都正確?
謝謝~
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 59.120.7.114
1F:推 aggaci:都沒錯...但你的方法較麻煩,誤差大很正常,你同學是正確的 08/31 00:55
2F:→ aggaci:sorry 糾正一下...你同學的方法較好 08/31 00:56
3F:推 leondemon:比較好的原因,是因為data比較好看嗎? 08/31 01:32
4F:→ leondemon:我沒有要戰的意思,但是我不懂那樣做三重複的意義何在? 08/31 01:32
5F:推 aggaci:因為我覺得兩種方法對於DATA的呈現ㄧ樣 08/31 01:36
6F:→ aggaci:都只是代表3重複的其中ㄧ次,你的"三重複"我稱之"三平行" 08/31 01:37
7F:推 chvkimo:我是覺得你的想法應該比較嚴謹 因為如果這實驗要別人來操 08/31 08:22
8F:→ chvkimo:做的話 應該都是不同時間點做出來的(因為再現性) 我有時候 08/31 08:23
9F:→ chvkimo:念PAPER 也看過你同學的那種作法 可是我是覺得 那不是只是 08/31 08:24
10F:→ chvkimo:拿來作平均用的嗎? 所以我自己是偏向跟你一樣的想法 08/31 08:24
11F:→ chvkimo:另外 我不是前輩 只是提出我的看法 08/31 08:25
12F:推 Tierry:個人三重複作法是連mixture都分開做 簡單說是3次獨立的實驗 08/31 08:31
13F:推 K587262:這就是統計學中 duplication跟replication的基礎了 08/31 10:29
14F:→ K587262:我贊同你的做法 不從母群體中重新抽取的檢定一點都不科學 08/31 10:30
15F:→ K587262:不過這種事情沒必要跟人爭 相信自己 但是會辛苦點 08/31 10:31
16F:推 satasumi:三重複是指三次重新的實驗,而非同一取樣樣品測三次 08/31 11:16
17F:→ satasumi:如果是只是重測三次,只是測定你的樣品是否均值, 08/31 11:17
18F:→ satasumi:而非測定其是否準確的再現性,你是對的.你同學的是偷懶的 08/31 11:18
19F:推 jennywei1125:duplication跟replication差別 08/31 13:06
20F:推 sisyphus:不同意A的說法..我覺得你是對的,但是你同學會比較早畢業 08/31 15:16
21F:推 pooldodo:我都會找學弟來,給他看我的筆記然後由他重作 08/31 18:58
22F:→ pooldodo:如果也可以都做出來我才比較會用 08/31 18:59
23F:推 mojimoji:三重複指的當然是三次獨立的實驗做出來的數據一樣啊!所 09/02 13:06
24F:→ mojimoji:以實驗的reagent應該都是當次才加吧!不管什麼實驗都一樣 09/02 13:07
25F:→ mojimoji:只要是重複就是指獨立分開而得到的結果有一致性 就是成攻 09/02 13:07
26F:→ mojimoji:的repeat 且data consist 所以DATA才可信 09/02 13:08
27F:推 nerdz:我同意你的看法..你同學的3重複是要測定不同WELL間的差異.. 09/04 00:55
28F:推 Danielle:你同學的作法沒有意義 那跟三管放在同一個well跑一樣 11/07 16:20