作者leondemon (狗狗)
看板Biotech
标题[问题] Real-time PCR的三重复
时间Fri Aug 31 00:42:40 2007
三重复的意义何在???
为什麽要做三重复???
三重复要怎麽做???
最近因为这个问题,跟我很在意的人闹得有点不愉快
因此想听听这边的前辈的解答。
我说说我的看法。
我觉得三重复的意义,在於要确定每次的做出来的结果是一致的。
应该说,任何实验,都要确定其「再现性」,才能说这个结果是有意义的。
因此,我有看过讲究一点的paper,他们有测试同样的reaction在不同时间上机,
来确保机器在不同的时候上机,其结果会有差异。
而我觉得三重复的配法,应该是要除了cDNA以外的reagents先混合配好加入各well中,
然後再取三次cDNA,分别加入三个reaction中,证明每次取的cDNA都能做出一致的结果。
因为PCR反应中,cDNA的初始浓度,应该是影响结果差异的最主要原因,
所以针对cDNA做不同的三次加入的三重复,来确定人员没有操作失误,
而除了cDNA以外的reagents先mix在一起,是要做到「在相同环境下,测试一个可能变数」
所以如果做出来的扩增曲线是重叠的,那表示三次的操作都没问题,
若是有一条没重叠,表示那次的pipetting可能有问题,於是排除该数据;
若是三条都没重叠,则表示结果不一致(无再现性),因此该组数据都不能用。
上面是我的看法,但是我听到有人的三重复作法跟我不同。
他们是将所有的试剂混合在一起,这包括了cDNA、primer、和SYBR GREEN master mix,
混合好後,直接分装到三个well中,然後跑出来的扩增取线很完美的重叠。
可是我却觉得这样做已经失去了「三重复」的含意,
只是为了做「三重复」而做的「三重复」。
因为他们从tube里面只取了一次cDNA到整个mixture中,
这样的三重复,就不能证明,「下次再做一样的实验,扩增曲线会是一样的情形」
因为他们没有做「不同次数抽取cDNA时,其扩增曲线是一样的」
毕竟cDNA的初始浓度稍有不同(可能是pipetting或人员操作技术导致),
其结果可能就会有明显差异。
我觉得他们那样的作法,只是把「同一个reaction,在同一台机器上跑三次」
能证明的,顶多只有「这台机器很稳定,因为在不同的well位置,其热循环结果一致」
可是要证明这个做什麽呢? 这不是这台机器「基本」应该具备的条件吗?
对每个reagent只有做一次pipetting,那要如何表示这个反应的「再现性」?
根据我的实验经验和speciallist的指导,
要降低cDNA的pipetting error,最好的方式就是先稀释整个cDNA来源,
充分混合均匀(vortex & spin down)後,再取cDNA加入各reaction中。
这样可以使原本可能只要加 0.5 ul的cDNA,变成加入 5 ul(因为cDNA稀释10倍),
这样pipetting时,一些的些微误差,会因为取的体积变大而降低变异系数(差异百分比)
我想听听看各位前辈对这两种三重复作法,有什麽样的见解?
哪一种方法是正确的? 还是两种都正确?
谢谢~
--
※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 59.120.7.114
1F:推 aggaci:都没错...但你的方法较麻烦,误差大很正常,你同学是正确的 08/31 00:55
2F:→ aggaci:sorry 纠正一下...你同学的方法较好 08/31 00:56
3F:推 leondemon:比较好的原因,是因为data比较好看吗? 08/31 01:32
4F:→ leondemon:我没有要战的意思,但是我不懂那样做三重复的意义何在? 08/31 01:32
5F:推 aggaci:因为我觉得两种方法对於DATA的呈现ㄧ样 08/31 01:36
6F:→ aggaci:都只是代表3重复的其中ㄧ次,你的"三重复"我称之"三平行" 08/31 01:37
7F:推 chvkimo:我是觉得你的想法应该比较严谨 因为如果这实验要别人来操 08/31 08:22
8F:→ chvkimo:做的话 应该都是不同时间点做出来的(因为再现性) 我有时候 08/31 08:23
9F:→ chvkimo:念PAPER 也看过你同学的那种作法 可是我是觉得 那不是只是 08/31 08:24
10F:→ chvkimo:拿来作平均用的吗? 所以我自己是偏向跟你一样的想法 08/31 08:24
11F:→ chvkimo:另外 我不是前辈 只是提出我的看法 08/31 08:25
12F:推 Tierry:个人三重复作法是连mixture都分开做 简单说是3次独立的实验 08/31 08:31
13F:推 K587262:这就是统计学中 duplication跟replication的基础了 08/31 10:29
14F:→ K587262:我赞同你的做法 不从母群体中重新抽取的检定一点都不科学 08/31 10:30
15F:→ K587262:不过这种事情没必要跟人争 相信自己 但是会辛苦点 08/31 10:31
16F:推 satasumi:三重复是指三次重新的实验,而非同一取样样品测三次 08/31 11:16
17F:→ satasumi:如果是只是重测三次,只是测定你的样品是否均值, 08/31 11:17
18F:→ satasumi:而非测定其是否准确的再现性,你是对的.你同学的是偷懒的 08/31 11:18
19F:推 jennywei1125:duplication跟replication差别 08/31 13:06
20F:推 sisyphus:不同意A的说法..我觉得你是对的,但是你同学会比较早毕业 08/31 15:16
21F:推 pooldodo:我都会找学弟来,给他看我的笔记然後由他重作 08/31 18:58
22F:→ pooldodo:如果也可以都做出来我才比较会用 08/31 18:59
23F:推 mojimoji:三重复指的当然是三次独立的实验做出来的数据一样啊!所 09/02 13:06
24F:→ mojimoji:以实验的reagent应该都是当次才加吧!不管什麽实验都一样 09/02 13:07
25F:→ mojimoji:只要是重复就是指独立分开而得到的结果有一致性 就是成攻 09/02 13:07
26F:→ mojimoji:的repeat 且data consist 所以DATA才可信 09/02 13:08
27F:推 nerdz:我同意你的看法..你同学的3重复是要测定不同WELL间的差异.. 09/04 00:55
28F:推 Danielle:你同学的作法没有意义 那跟三管放在同一个well跑一样 11/07 16:20