作者belady (白衣天使黑心肝)
看板Biotech
標題[問題] real time RT PCR primer design?
時間Thu Aug 9 18:47:28 2007
請問
本實驗室要進行real-time RT PCR
目前實驗設計卡在primer的設計
因為mRNA萃取出後要轉成first strand DNA
接著cDNA為樣本進行real time RT PCR
在primer的設計上照理來說應該以cDNA為模版來設計
但cDNA為單股 其核甘酸序列與mRNA互補（應該對吧?）
故在設計時應以DNA的template strand來設計
這樣想法對嗎？
若database所搜尋出的其DNA序列為
ATGAAAGTGATGA.........................TTCCGCAGGTAGCACTGTG
在設計時primer-f應為5'-ATGAAAGTGATG-3'
primer-r應為5'-CACAGTGCTCCT-3'
在不考慮dimer或aneling temperature之下這想法對嗎？
感謝版上先進回答
※ 編輯: belady 來自: 140.128.151.223 (08/09 18:51)
1F：推 nerdz:別想太複雜.就是你要夾出的片斷+5`=>3`原則就好了..正確 08/10 01:50
2F：推 tinantai:通常找出來的都是mRNA序列吧..用mRNA序列就可以設計了 08/12 23:49
3F：→ tinantai:記得要跨exon..所以應該要找mRNA序列.. 08/12 23:49
4F：→ tinantai:你用mRNA設計出來的primer也一樣可黏上cDNA啊 08/12 23:50
5F：→ tinantai:有回答到你的問題嗎? 08/12 23:50