作者belady (白衣天使黑心肝)
看板Biotech
标题[问题] real time RT PCR primer design?
时间Thu Aug 9 18:47:28 2007
请问
本实验室要进行real-time RT PCR
目前实验设计卡在primer的设计
因为mRNA萃取出後要转成first strand DNA
接着cDNA为样本进行real time RT PCR
在primer的设计上照理来说应该以cDNA为模版来设计
但cDNA为单股 其核甘酸序列与mRNA互补（应该对吧?）
故在设计时应以DNA的template strand来设计
这样想法对吗？
若database所搜寻出的其DNA序列为
ATGAAAGTGATGA.........................TTCCGCAGGTAGCACTGTG
在设计时primer-f应为5'-ATGAAAGTGATG-3'
primer-r应为5'-CACAGTGCTCCT-3'
在不考虑dimer或aneling temperature之下这想法对吗？
感谢版上先进回答
※ 编辑: belady 来自: 140.128.151.223 (08/09 18:51)
1F：推 nerdz:别想太复杂.就是你要夹出的片断+5`=>3`原则就好了..正确 08/10 01:50
2F：推 tinantai:通常找出来的都是mRNA序列吧..用mRNA序列就可以设计了 08/12 23:49
3F：→ tinantai:记得要跨exon..所以应该要找mRNA序列.. 08/12 23:49
4F：→ tinantai:你用mRNA设计出来的primer也一样可黏上cDNA啊 08/12 23:50
5F：→ tinantai:有回答到你的问题吗? 08/12 23:50