作者ronall (暱稱小公主的!扣十分先)
看板Biotech
標題[問題] PCR反應一直失敗~有勞高手
時間Tue Jul 17 23:56:28 2007
※ [本文轉錄自 Wanted 看板]
作者: ronall (暱稱小公主的!扣十分先) 看板: Wanted
標題: [問題] PCR反應一直失敗~有勞高手
時間: Tue Jul 17 23:50:44 2007
是這樣的
我是做蛋白突變的研究生
我利用抽取自菌種的DNA
佐上設計好的突變用引子(35-mer)
base pair的突變數相較於原始DNA不會超過三個
我的研究主題目前打算先做三個單點突變
我將突變過的DNA送入E. coil以表現我要的突變蛋白
但是目前有個情況
就是三組點突變的PCR中
有一個打死都做不出來.....
(在DNA Gel中沒看見EtBr的band)
在同樣的條件、環境、手法、材料下
一開始懷疑是引子問題
也重新訂購過新品
但是結果仍然
我實在找不出失敗的原因了
因為另外兩個都沒問題
我使用的材料如下
==================================
Sterile water 1 uL
Pfu 10X rxn buffer 5 uL
dNTP (10 mM stock) 1 uL
Template (25 ng) 2 uL (the plasmid DNA from DH5-alpha)
Primer forward (125 ng) 20 uL
Primer reverse (125 ng) 20 uL
Pfu DNA polymerase (2.5-3U) 1 uL
==================================
反應條件
==================================
95 C 30 sec-cycle 1次
----------------------------------
95 C 30 sec
55 C 1 min
68 C 13 min-cycle 17次
==================================
反應結束後
再加入Dpn1限制酵素切斷template
在37 C下反應一小時
這樣的程序可能會有問題嗎?
我也考慮過是不是當初選用的codon不合?
或者是實驗室也有Taq DNA polymerase
我換用這樣的polymerase會有成功的可能嗎?
此外
我不知道使用Taq DNA polymerase時
各成分的配比要放多少
如果有知道的高手還請幫忙~!!
最後
我不是分生體系的啦
所以有很多比較細節的東西我不懂....還請見諒
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耶 (十字架)▕ 實┌───────┐(講台上) 耶穌問正在seminar的我
蘇 ● ▕ 驗│ ︿囧︿ │
耶穌:小鬼,你混哪的?怎麼
的 ▔耶▔ ▕ 室│ 我 │
比我被釘的還慘....?
信 ∥ ╭──╮▕ 的└── ╱╲ ──┘╭──╮ 我 :主啊,我是研究所新生
徒 ╭│偉大│▕ 人 ╔═══╗╭─│去死│
們=> ○●○●╰──╯▕ 們=> ○●○●○● ╰──╯ www.wretch.cc/album/ronall
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1F:推 blence:55℃->52℃, template 25ng->100ng to 500ng,請參酌試試 07/18 01:21
2F:推 blence:其他的,尤其是primer,請參照說明書指示使用 07/18 01:25
3F:推 lucidol:我做過類似的.但我是變換兩個鹼基.模板濃度提高.引子設計 07/18 03:27
4F:→ lucidol:要注意某些條件.DpnI處理要注意溫度條件.最重要的是 07/18 03:29
5F:推 lucidol:你的模板(環型質體)長度.看你是用哪一個點突變kit!! 07/18 03:32
6F:→ lucidol:pfu可以用taq代替..但是可能出錯率會比較高一些 07/18 03:33
7F:推 xenopus:你要不要換用PCR mutagenesis的方法? 07/18 08:56
8F:推 micocat:cycle數可以提高到 35 17個cycle 太少了 07/18 12:08
9F:推 ronall:我已經快要投降了...拿給專門在做PCR的研究生也是無解... 07/18 23:04
10F:→ ronall:我同學連用Taq都做不出來~也不過才6kb呀...... 07/18 23:05
11F:推 viroid:Wait 你說的做不出來是沒有band還是得不到你要的construct? 07/19 05:27
12F:→ viroid:我用這種方式做過很多次了 作多我做過換掉十幾個bp 07/19 05:28
13F:→ viroid:通常這種方式PCR做完,跑膠是看不到band的 07/19 05:30
14F:→ viroid:要一直做到transformation,看有沒有菌落才知道成敗 07/19 05:31
15F:推 ronall:是沒band!我是沒有直接轉入cell~但是其他的兩個突變用DNA 07/19 10:22
16F:→ ronall:在DNA gel中能夠看見PCR產物 07/19 10:22
17F:推 viroid:那我只能說不需要看到band,至少我們實驗室是這樣做的 07/19 15:51