作者ronall (昵称小公主的!扣十分先)
看板Biotech
标题[问题] PCR反应一直失败~有劳高手
时间Tue Jul 17 23:56:28 2007
※ [本文转录自 Wanted 看板]
作者: ronall (昵称小公主的!扣十分先) 看板: Wanted
标题: [问题] PCR反应一直失败~有劳高手
时间: Tue Jul 17 23:50:44 2007
是这样的
我是做蛋白突变的研究生
我利用抽取自菌种的DNA
佐上设计好的突变用引子(35-mer)
base pair的突变数相较於原始DNA不会超过三个
我的研究主题目前打算先做三个单点突变
我将突变过的DNA送入E. coil以表现我要的突变蛋白
但是目前有个情况
就是三组点突变的PCR中
有一个打死都做不出来.....
(在DNA Gel中没看见EtBr的band)
在同样的条件、环境、手法、材料下
一开始怀疑是引子问题
也重新订购过新品
但是结果仍然
我实在找不出失败的原因了
因为另外两个都没问题
我使用的材料如下
==================================
Sterile water 1 uL
Pfu 10X rxn buffer 5 uL
dNTP (10 mM stock) 1 uL
Template (25 ng) 2 uL (the plasmid DNA from DH5-alpha)
Primer forward (125 ng) 20 uL
Primer reverse (125 ng) 20 uL
Pfu DNA polymerase (2.5-3U) 1 uL
==================================
反应条件
==================================
95 C 30 sec-cycle 1次
----------------------------------
95 C 30 sec
55 C 1 min
68 C 13 min-cycle 17次
==================================
反应结束後
再加入Dpn1限制酵素切断template
在37 C下反应一小时
这样的程序可能会有问题吗?
我也考虑过是不是当初选用的codon不合?
或者是实验室也有Taq DNA polymerase
我换用这样的polymerase会有成功的可能吗?
此外
我不知道使用Taq DNA polymerase时
各成分的配比要放多少
如果有知道的高手还请帮忙~!!
最後
我不是分生体系的啦
所以有很多比较细节的东西我不懂....还请见谅
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耶 (十字架)▕ 实┌───────┐(讲台上) 耶稣问正在seminar的我
苏 ● ▕ 验│ ︿囧︿ │
耶稣:小鬼,你混哪的?怎麽
的 ▔耶▔ ▕ 室│ 我 │
比我被钉的还惨....?
信 ∥ ╭──╮▕ 的└── ╱╲ ──┘╭──╮ 我 :主啊,我是研究所新生
徒 ╭│伟大│▕ 人 ╔═══╗╭─│去死│
们=> ○●○●╰──╯▕ 们=> ○●○●○● ╰──╯ www.wretch.cc/album/ronall
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1F:推 blence:55℃->52℃, template 25ng->100ng to 500ng,请参酌试试 07/18 01:21
2F:推 blence:其他的,尤其是primer,请参照说明书指示使用 07/18 01:25
3F:推 lucidol:我做过类似的.但我是变换两个硷基.模板浓度提高.引子设计 07/18 03:27
4F:→ lucidol:要注意某些条件.DpnI处理要注意温度条件.最重要的是 07/18 03:29
5F:推 lucidol:你的模板(环型质体)长度.看你是用哪一个点突变kit!! 07/18 03:32
6F:→ lucidol:pfu可以用taq代替..但是可能出错率会比较高一些 07/18 03:33
7F:推 xenopus:你要不要换用PCR mutagenesis的方法? 07/18 08:56
8F:推 micocat:cycle数可以提高到 35 17个cycle 太少了 07/18 12:08
9F:推 ronall:我已经快要投降了...拿给专门在做PCR的研究生也是无解... 07/18 23:04
10F:→ ronall:我同学连用Taq都做不出来~也不过才6kb呀...... 07/18 23:05
11F:推 viroid:Wait 你说的做不出来是没有band还是得不到你要的construct? 07/19 05:27
12F:→ viroid:我用这种方式做过很多次了 作多我做过换掉十几个bp 07/19 05:28
13F:→ viroid:通常这种方式PCR做完,跑胶是看不到band的 07/19 05:30
14F:→ viroid:要一直做到transformation,看有没有菌落才知道成败 07/19 05:31
15F:推 ronall:是没band!我是没有直接转入cell~但是其他的两个突变用DNA 07/19 10:22
16F:→ ronall:在DNA gel中能够看见PCR产物 07/19 10:22
17F:推 viroid:那我只能说不需要看到band,至少我们实验室是这样做的 07/19 15:51