作者ColdP (......)
看板Biotech
標題[問題] 關於peptide mass finger printing的資料庫搜尋問題
時間Wed May 30 12:34:09 2007
最近我們實驗室在嘗試用銀染去作peptide mass finger printing...
早有耳聞銀染不大好作mass，
而事實上我們比對出來的東西也真的常看到一堆不知所云沒顯著性的蛋白質...
甚至連那種染色很深，
而且我們早就知道是什麼蛋白質的band也打不出來 囧
正常的mass finger printing是把打出的peptide mass拿去資料庫做比對，
然後看有沒有match到資料庫裡的蛋白質....
不過由於我們實在match不到任何東西，所以我們想要反過來作:
去看打出來的所有peptide mass裡，
有哪些peptide mass是屬於"某種特定的蛋白質"，比如說tubulin之類的。
目前想到的作法是直接從NCBI的資料庫裡蛋白質的sequence，
把這個sequence拿去用PepetideMass這個網路工具切，
然後自己一個一個的去比對...
不過這樣作好像挺沒效率的，
而且這樣一來一次也只能對一蛋白質，
所以想要請問，
有可以協助做這種事情的工具嗎?
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另外，
還想請問有作過以銀染或sypro ruby後進行in-gel digestion的人，
你們都會特別去用siliconized的tube和tip嗎?
我們實驗室都是用普通的tube和tip，
我在想會不會是因為這樣，
有些peptide再in-gel digestion後被黏在tube管壁，
結果就出不來.....
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 123.195.16.147
1F：推 leftt:不知道你們打點的成功率有多少 我們的成功率在10％～90％之 05/30 23:48
2F：→ leftt:間 真是囧 我們也是用普通的tube和tip 但是沒有反向比對 05/30 23:48
3F：推 ColdP:我們也差不多 有的band總是能打出來 但有的band拿去打卻像是 06/01 21:43
4F：→ ColdP:在摸彩一樣 囧興~ 06/01 21:44