作者ColdP (......)
看板Biotech
标题[问题] 关於peptide mass finger printing的资料库搜寻问题
时间Wed May 30 12:34:09 2007
最近我们实验室在尝试用银染去作peptide mass finger printing...
早有耳闻银染不大好作mass，
而事实上我们比对出来的东西也真的常看到一堆不知所云没显着性的蛋白质...
甚至连那种染色很深，
而且我们早就知道是什麽蛋白质的band也打不出来 囧
正常的mass finger printing是把打出的peptide mass拿去资料库做比对，
然後看有没有match到资料库里的蛋白质....
不过由於我们实在match不到任何东西，所以我们想要反过来作:
去看打出来的所有peptide mass里，
有哪些peptide mass是属於"某种特定的蛋白质"，比如说tubulin之类的。
目前想到的作法是直接从NCBI的资料库里蛋白质的sequence，
把这个sequence拿去用PepetideMass这个网路工具切，
然後自己一个一个的去比对...
不过这样作好像挺没效率的，
而且这样一来一次也只能对一蛋白质，
所以想要请问，
有可以协助做这种事情的工具吗?
---
另外，
还想请问有作过以银染或sypro ruby後进行in-gel digestion的人，
你们都会特别去用siliconized的tube和tip吗?
我们实验室都是用普通的tube和tip，
我在想会不会是因为这样，
有些peptide再in-gel digestion後被黏在tube管壁，
结果就出不来.....
--
※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 123.195.16.147
1F：推 leftt:不知道你们打点的成功率有多少 我们的成功率在10％～90％之 05/30 23:48
2F：→ leftt:间 真是囧 我们也是用普通的tube和tip 但是没有反向比对 05/30 23:48
3F：推 ColdP:我们也差不多 有的band总是能打出来 但有的band拿去打却像是 06/01 21:43
4F：→ ColdP:在摸彩一样 囧兴~ 06/01 21:44