作者LinusChen (小強一號原型機)
看板Biotech
標題Re: [問題] DNA Fasta 檔內字母大小寫有啥不同啊?
時間Sat Mar 25 15:41:26 2006
※ 引述《pigy (pigy)》之銘言：
: ※ 引述《LinusChen (小強一號原型機)》之銘言：
: : 在NCBI所download的fasta裡面的序列有大小寫之分
: : 請問有人知道有什麼差異嗎?
: : 因為在使用blastall的選項裡面有一個是濾掉小寫的
: : 有什麼特別原因嗎?
: 我好像沒碰過NCBI網站上有大小寫的情況，
: 所以你是直接download整個database（DNA)嗎？
對 直接去ftp download
: 有可能是一些base calling的程式，比如說phred，
: 會把low sequencing quality的base用小寫表示，
: 這時你跑blastall -U 就可以濾掉quality差的序列不要對。
所以說 小寫的是可信度較低的嗎?
謝謝
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 61.229.126.112
1F：推 pigy:yes 03/28 07:22