作者LinusChen (小强一号原型机)
看板Biotech
标题Re: [问题] DNA Fasta 档内字母大小写有啥不同啊?
时间Sat Mar 25 15:41:26 2006
※ 引述《pigy (pigy)》之铭言：
: ※ 引述《LinusChen (小强一号原型机)》之铭言：
: : 在NCBI所download的fasta里面的序列有大小写之分
: : 请问有人知道有什麽差异吗?
: : 因为在使用blastall的选项里面有一个是滤掉小写的
: : 有什麽特别原因吗?
: 我好像没碰过NCBI网站上有大小写的情况，
: 所以你是直接download整个database（DNA)吗？
对 直接去ftp download
: 有可能是一些base calling的程式，比如说phred，
: 会把low sequencing quality的base用小写表示，
: 这时你跑blastall -U 就可以滤掉quality差的序列不要对。
所以说 小写的是可信度较低的吗?
谢谢
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