※ 引述《AmyK (四片葉)》之銘言： : 請問有沒有protein 3-D prediction site (當然是要免費的..) : 另外，PDB只能看只有他們資料庫的蛋白質， : 而且即使有我需要的， : 卻不能標的出其中一小段蛋白質序列， : 特別顯示那小段所在處， : 還是要怎樣操作chime語列才可以看到呢？ : 謝謝~~ 當然有這種好東西啦~ 上expasy找swiss-model進去就可以預測自己的sequence, 或直接點網址 http://swissmodel.expasy.org/ 他的左上方有個Modeling requests,點First Approach mode, 再來就輸入自己的E-mail還有想預測的sequence就可以了, 大概過了半天(4~8小時)他就會寄個pdb file過來了~ 他的原理是和已知結構的sequence做local比對,若相似就會有相同的 folding方法,算是用cluster的方法,有些protein會預測的蠻準的, 但我還蠻常收到和現實差距蠻大的結構 >"< 所以說感覺還是modeller的預測會好一些,因為他是利用 給的sequence和已知結構的sequence做global比對,相似度高的 再做類似的folding,所以會預測的準一些,只是缺點就是 若你要的protein結構在database裡沒有相似的就比較容易預測失敗~ 提供一點小心得,有誤的話還請各為前輩指正,謝謝! --

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