※ 引述《AmyK (四片叶)》之铭言： : 请问有没有protein 3-D prediction site (当然是要免费的..) : 另外，PDB只能看只有他们资料库的蛋白质， : 而且即使有我需要的， : 却不能标的出其中一小段蛋白质序列， : 特别显示那小段所在处， : 还是要怎样操作chime语列才可以看到呢？ : 谢谢~~ 当然有这种好东西啦~ 上expasy找swiss-model进去就可以预测自己的sequence, 或直接点网址 http://swissmodel.expasy.org/ 他的左上方有个Modeling requests,点First Approach mode, 再来就输入自己的E-mail还有想预测的sequence就可以了, 大概过了半天(4~8小时)他就会寄个pdb file过来了~ 他的原理是和已知结构的sequence做local比对,若相似就会有相同的 folding方法,算是用cluster的方法,有些protein会预测的蛮准的, 但我还蛮常收到和现实差距蛮大的结构 >"< 所以说感觉还是modeller的预测会好一些,因为他是利用 给的sequence和已知结构的sequence做global比对,相似度高的 再做类似的folding,所以会预测的准一些,只是缺点就是 若你要的protein结构在database里没有相似的就比较容易预测失败~ 提供一点小心得,有误的话还请各为前辈指正,谢谢! --

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