※ 引述《littlesky (littlesky)》之銘言： : 而酵素在催化的情況下 可以推測蛋白質正在不停的 "動態" 狀態下 : 以 A + B + ATP --> C + ADP 而言 : 如果反應機制為 A + ATP --> A*Pi + ADP + B --> C + ADP 而言 : 在共結晶的時候 就不會建議加入 (A+B+ATP), or (A + ATP) 當co-crystal的條件 : 可嘗試 (B + ATP) (A + B) , (A + B), or 單獨加 A, B ,ATP : 加入 substrate 如果沒有發生反應時 很多會認為會穩定 active site 的結構 : 有助於結晶 : 但如果你加入的是其會讓 active site 作用的 : 則會使 active site 動態增加 而不利結晶 : 這個說法比較能使我說服 : 光已加入substrate 不適合結晶 而加入 homolog 適合結晶, (而不深入探討) : 在道理上說不大過去 我知道你的意思 不過以ATPase為例 就有加入AMP-PnP來做的結晶 homolog本身不會被cleavage 所以只有binding 而沒有所謂動態的行為 此時active site的結構是穩定的 結晶可以形成 我認為這個是對的敘述 另外請問在你的說明當中 ATP並非是B的substrate 那如何能達到穩定蛋白結構的作用 也許的確有蛋白如此成功的結晶過 但是道理上說不過去 希望能多點討論(po版沒關係吧 版大) : yes 這些都有可能性 : 但或然率不應該會太高 : 第一個問題 : 事實上 相同的 complain 也會發生在 yeast two hybrid 上 : 同樣的 : 這些未來都可以在mapping的時候 再作refine (這些是實驗細節 不多談) : 碰撞機率而言 以一個比喻 : 你覺得地球跟人造衛星 (比喻 protein 內部胺基酸與胺基酸與linker 碰撞機率) : 與地球與月球 (比喻兩個互有interaction 的蛋白質) : 與地球跟冥王星的碰撞機率 (比喻在相同胞器中 卻沒太大相關的蛋白質) : 與地球跟處女座星雲的的某顆星 碰撞機率而言.. : 你會覺得我的比喻太誇張 如果請你以整個宇宙來看 (地球雖沒跟處女座星球碰 : 但以整個宇宙來看 這也是發生的) : 其實跟我們看我們蛋白質 cross linker 分子間的距離對比 其實不見的會太誇張的 我想你的比喻並不適當 仔細想想就知道了 細胞質是會流動的 而且 細胞內部並非如你所比喻的 是空盪盪的一片 有理論生化學家將目前以知的細胞內各種成分 包括蛋白質 核酸 各種chemical 理論計算他們的體積 並試圖模擬出細胞內部的樣子 得到的結果是: 細胞內是非常擁擠的 擁擠的程度可以比喻成 一個蛋白質要靠simple diffusion從細胞的一端diffuse到另一端 幾乎不可能達到 而需要細胞內的運輸系統來達成 在這麼擁擠的環境下 分子間碰撞的機率絕非是您所比喻的宇宙 -- 夜 凝視你的眼 妳微笑著逃開 害我 也想逃了 --

※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 61.223.58.157 ※ 編輯: Lipaty 來自: 61.223.58.157 (10/13 00:57)