※ 引述《littlesky (littlesky)》之铭言： : 而酵素在催化的情况下 可以推测蛋白质正在不停的 "动态" 状态下 : 以 A + B + ATP --> C + ADP 而言 : 如果反应机制为 A + ATP --> A*Pi + ADP + B --> C + ADP 而言 : 在共结晶的时候 就不会建议加入 (A+B+ATP), or (A + ATP) 当co-crystal的条件 : 可尝试 (B + ATP) (A + B) , (A + B), or 单独加 A, B ,ATP : 加入 substrate 如果没有发生反应时 很多会认为会稳定 active site 的结构 : 有助於结晶 : 但如果你加入的是其会让 active site 作用的 : 则会使 active site 动态增加 而不利结晶 : 这个说法比较能使我说服 : 光已加入substrate 不适合结晶 而加入 homolog 适合结晶, (而不深入探讨) : 在道理上说不大过去 我知道你的意思 不过以ATPase为例 就有加入AMP-PnP来做的结晶 homolog本身不会被cleavage 所以只有binding 而没有所谓动态的行为 此时active site的结构是稳定的 结晶可以形成 我认为这个是对的叙述 另外请问在你的说明当中 ATP并非是B的substrate 那如何能达到稳定蛋白结构的作用 也许的确有蛋白如此成功的结晶过 但是道理上说不过去 希望能多点讨论(po版没关系吧 版大) : yes 这些都有可能性 : 但或然率不应该会太高 : 第一个问题 : 事实上 相同的 complain 也会发生在 yeast two hybrid 上 : 同样的 : 这些未来都可以在mapping的时候 再作refine (这些是实验细节 不多谈) : 碰撞机率而言 以一个比喻 : 你觉得地球跟人造卫星 (比喻 protein 内部胺基酸与胺基酸与linker 碰撞机率) : 与地球与月球 (比喻两个互有interaction 的蛋白质) : 与地球跟冥王星的碰撞机率 (比喻在相同胞器中 却没太大相关的蛋白质) : 与地球跟处女座星云的的某颗星 碰撞机率而言.. : 你会觉得我的比喻太夸张 如果请你以整个宇宙来看 (地球虽没跟处女座星球碰 : 但以整个宇宙来看 这也是发生的) : 其实跟我们看我们蛋白质 cross linker 分子间的距离对比 其实不见的会太夸张的 我想你的比喻并不适当 仔细想想就知道了 细胞质是会流动的 而且 细胞内部并非如你所比喻的 是空荡荡的一片 有理论生化学家将目前以知的细胞内各种成分 包括蛋白质 核酸 各种chemical 理论计算他们的体积 并试图模拟出细胞内部的样子 得到的结果是: 细胞内是非常拥挤的 拥挤的程度可以比喻成 一个蛋白质要靠simple diffusion从细胞的一端diffuse到另一端 几乎不可能达到 而需要细胞内的运输系统来达成 在这麽拥挤的环境下 分子间碰撞的机率绝非是您所比喻的宇宙 -- 夜 凝视你的眼 你微笑着逃开 害我 也想逃了 --

※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc) ◆ From: 61.223.58.157 ※ 编辑: Lipaty 来自: 61.223.58.157 (10/13 00:57)