※ 引述《Lipaty (月餅不要吃太多)》之銘言： : ※ 引述《littlesky (littlesky)》之銘言： : : 而好在 目前的情況還較少發生 : : 而科學家曾經直接將 substrate 直接加入晶體中 : : 發現在蛋白質在結晶狀態下 仍有作用 : : 這代表其 function 不受影響 其結構也就有其意義存在 : 針對這一點 請問上述將substrate加到晶體之中 是所謂的co-crystalization嗎? : 以我所見過的 共結晶的時候 加入的是substrate的homolog : 而非可以被protein來process的真正的subatrate : 而加入substrate應該無法做出co-crystal : 不知道是不是進幾年有新的技術 可以克服這個困難 : 又或者上述共結晶可以形成 是特例? NO 我的意思非 "共結晶" ( co-crystalliazation) 而是有人將 subtrate 直接加入晶體中 產生了有顏色的產物 而直接觀察到 這代表有些蛋白質即使在結晶的狀態下 也是會有作用 這是表示在結晶的結構下 仍有 function. 而 co-crystal 會少用真正的substrate 的 這其實有問題存在.. crystallization 表示其蛋白質是在穩定的狀態下 而酵素在催化的情況下 可以推測蛋白質正在不停的 "動態" 狀態下 以 A + B + ATP --> C + ADP 而言 如果反應機制為 A + ATP --> A*Pi + ADP + B --> C + ADP 而言 在共結晶的時候 就不會建議加入 (A+B+ATP), or (A + ATP) 當co-crystal的條件 可嘗試 (B + ATP) (A + B) , (A + B), or 單獨加 A, B ,ATP 加入 substrate 如果沒有發生反應時 很多會認為會穩定 active site 的結構 有助於結晶 但如果你加入的是其會讓 active site 作用的 則會使 active site 動態增加 而不利結晶 這個說法比較能使我說服 光已加入substrate 不適合結晶 而加入 homolog 適合結晶, (而不深入探討) 在道理上說不大過去 : : 1. 目前有各式各樣長度的 chemical reagent 如 10 A ~ 25 A 等等 : : 如果你能夠被 長度 10 A 結合到 代表你這兩個胺基酸空間上相對位置在 10 A : : 以下 : 關於這一點 有一個類似的問題想跟版友討論一下 : 許多研究protein-protein interaction的實驗 : 或是尋找receptor的實驗 : 都會用cross-linker試圖將會發生interaction的proteins以共價連結 : 這個實驗法的概念和上述是類似的 : 但是有一個問題: : 微觀而言 溶液中的各種分子具有一定程度的碰撞機率 : 那麼如何排除原本距離在較遠的兩個protein(距離 > cross-linker的長度) : 因為單純的碰撞而被連在一起? : 這樣情形的發生 會讓實驗的結果出現artifact : 但是這個實驗方法 卻是通行多年 : 再者 分子本身就有vibration的現象 : 難道沒有可能因為vibration的關係而將原本距離超過cross-linker的兩個 : residue相連結? : 我要強調上述的vibration的程度仍在容許結晶可以發生的限度以內 : 如此一來 以MS解結晶的可信度 會降低許多 yes 這些都有可能性 但或然率不應該會太高 第一個問題 事實上 相同的 complain 也會發生在 yeast two hybrid 上 同樣的 這些未來都可以在mapping的時候 再作refine (這些是實驗細節 不多談) 碰撞機率而言 以一個比喻 你覺得地球跟人造衛星 (比喻 protein 內部胺基酸與胺基酸與linker 碰撞機率) 與地球與月球 (比喻兩個互有interaction 的蛋白質) 與地球跟冥王星的碰撞機率 (比喻在相同胞器中 卻沒太大相關的蛋白質) 與地球跟處女座星雲的的某顆星 碰撞機率而言.. 你會覺得我的比喻太誇張 如果請你以整個宇宙來看 (地球雖沒跟處女座星球碰 但以整個宇宙來看 這也是發生的) 其實跟我們看我們蛋白質 cross linker 分子間的距離對比 其實不見的會太誇張的 MS 解結構 從我找的paper題目來看就提到 (low resolution).. 可信度我不認為比crystallization 或 NMR 高 解析度更遠遠不及 但這不過是項 可快速 初步 大量達成我們想找結構的方法之一.. : : 要說直接從序列上準確預測 簡直是癡人說夢 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ : 而您的回答 我認為就目前而言 是對的 : 但是等到我們知道的越多 答案也可能改變 : 當然科學不會知道 100%有多少 所以也不知道要到什麼時候 : 我們的所知才能超過50% : 以上 我的句子是 "準確"預測.. 可能性不高 不代表我認為結構預測一無可取.. 相反的 我還是認為很有意義 所以才會提出以 MS, CD, EM 等實驗數據輔助結構預測 我的概念還是在於 結構預測 還是科學家以理想化的程式期望解決所有問題 問題在 生物系統的複雜度之高 遠遠超過目前 甚至未來都極不易 解決得問題 顯而易見的例子 我講了那麼多結構生物學的展望 事實上幾乎沒啥看到 以結構預測(有蛋白質結構的狀態下) 的藥物 (特指新藥 非modify的舊藥) 目前通過人體試驗上市........ 講的有點過於細了 如果要再討論 就到信箱吧 免得占版面啦 --

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