※ 引述《Lipaty (月饼不要吃太多)》之铭言： : ※ 引述《littlesky (littlesky)》之铭言： : : 而好在 目前的情况还较少发生 : : 而科学家曾经直接将 substrate 直接加入晶体中 : : 发现在蛋白质在结晶状态下 仍有作用 : : 这代表其 function 不受影响 其结构也就有其意义存在 : 针对这一点 请问上述将substrate加到晶体之中 是所谓的co-crystalization吗? : 以我所见过的 共结晶的时候 加入的是substrate的homolog : 而非可以被protein来process的真正的subatrate : 而加入substrate应该无法做出co-crystal : 不知道是不是进几年有新的技术 可以克服这个困难 : 又或者上述共结晶可以形成 是特例? NO 我的意思非 "共结晶" ( co-crystalliazation) 而是有人将 subtrate 直接加入晶体中 产生了有颜色的产物 而直接观察到 这代表有些蛋白质即使在结晶的状态下 也是会有作用 这是表示在结晶的结构下 仍有 function. 而 co-crystal 会少用真正的substrate 的 这其实有问题存在.. crystallization 表示其蛋白质是在稳定的状态下 而酵素在催化的情况下 可以推测蛋白质正在不停的 "动态" 状态下 以 A + B + ATP --> C + ADP 而言 如果反应机制为 A + ATP --> A*Pi + ADP + B --> C + ADP 而言 在共结晶的时候 就不会建议加入 (A+B+ATP), or (A + ATP) 当co-crystal的条件 可尝试 (B + ATP) (A + B) , (A + B), or 单独加 A, B ,ATP 加入 substrate 如果没有发生反应时 很多会认为会稳定 active site 的结构 有助於结晶 但如果你加入的是其会让 active site 作用的 则会使 active site 动态增加 而不利结晶 这个说法比较能使我说服 光已加入substrate 不适合结晶 而加入 homolog 适合结晶, (而不深入探讨) 在道理上说不大过去 : : 1. 目前有各式各样长度的 chemical reagent 如 10 A ~ 25 A 等等 : : 如果你能够被 长度 10 A 结合到 代表你这两个胺基酸空间上相对位置在 10 A : : 以下 : 关於这一点 有一个类似的问题想跟版友讨论一下 : 许多研究protein-protein interaction的实验 : 或是寻找receptor的实验 : 都会用cross-linker试图将会发生interaction的proteins以共价连结 : 这个实验法的概念和上述是类似的 : 但是有一个问题: : 微观而言 溶液中的各种分子具有一定程度的碰撞机率 : 那麽如何排除原本距离在较远的两个protein(距离 > cross-linker的长度) : 因为单纯的碰撞而被连在一起? : 这样情形的发生 会让实验的结果出现artifact : 但是这个实验方法 却是通行多年 : 再者 分子本身就有vibration的现象 : 难道没有可能因为vibration的关系而将原本距离超过cross-linker的两个 : residue相连结? : 我要强调上述的vibration的程度仍在容许结晶可以发生的限度以内 : 如此一来 以MS解结晶的可信度 会降低许多 yes 这些都有可能性 但或然率不应该会太高 第一个问题 事实上 相同的 complain 也会发生在 yeast two hybrid 上 同样的 这些未来都可以在mapping的时候 再作refine (这些是实验细节 不多谈) 碰撞机率而言 以一个比喻 你觉得地球跟人造卫星 (比喻 protein 内部胺基酸与胺基酸与linker 碰撞机率) 与地球与月球 (比喻两个互有interaction 的蛋白质) 与地球跟冥王星的碰撞机率 (比喻在相同胞器中 却没太大相关的蛋白质) 与地球跟处女座星云的的某颗星 碰撞机率而言.. 你会觉得我的比喻太夸张 如果请你以整个宇宙来看 (地球虽没跟处女座星球碰 但以整个宇宙来看 这也是发生的) 其实跟我们看我们蛋白质 cross linker 分子间的距离对比 其实不见的会太夸张的 MS 解结构 从我找的paper题目来看就提到 (low resolution).. 可信度我不认为比crystallization 或 NMR 高 解析度更远远不及 但这不过是项 可快速 初步 大量达成我们想找结构的方法之一.. : : 要说直接从序列上准确预测 简直是痴人说梦 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ : 而您的回答 我认为就目前而言 是对的 : 但是等到我们知道的越多 答案也可能改变 : 当然科学不会知道 100%有多少 所以也不知道要到什麽时候 : 我们的所知才能超过50% : 以上 我的句子是 "准确"预测.. 可能性不高 不代表我认为结构预测一无可取.. 相反的 我还是认为很有意义 所以才会提出以 MS, CD, EM 等实验数据辅助结构预测 我的概念还是在於 结构预测 还是科学家以理想化的程式期望解决所有问题 问题在 生物系统的复杂度之高 远远超过目前 甚至未来都极不易 解决得问题 显而易见的例子 我讲了那麽多结构生物学的展望 事实上几乎没啥看到 以结构预测(有蛋白质结构的状态下) 的药物 (特指新药 非modify的旧药) 目前通过人体试验上市........ 讲的有点过於细了 如果要再讨论 就到信箱吧 免得占版面啦 --

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