作者karlin (利杰)
看板Biotech
标题[求救] NCBI和UCSC的差异
时间Sun Apr 29 13:20:05 2012
发问时请注意，若是要问实验相关的问题，请将实验的步骤、所用的条件大致列出
以方便板友帮您追踪问题
----请将上列注意事项以 ctrl + k 删除後开始编辑文章----
各位好：
我利用UCSC查询promoter sequence
因为UCSC可以直接从promoter -1000或别的数字开始给你sequence
所以一直用得好好的～
但最近突然有点疑惑到+1位置是否从UCSC的exon开始算
所以利用NCBI的nucleotide来比对,却发现诡异的事情
从NCBI查的mRNA的序列居然比UCSC exon少50 base
查了书後我对於transcription认知如下
========================================= genome
+1
================================== pre-mature RNA
( )( ) () ( )
non-coding non-coding
exon exon1 exon2 exon
====================== spliced RNA
( )( )()( )
所以我把UCSC上用大写表示的exon开始算为non-coding exon,也就是+1位置,
拿来和NCBI的mRNA一开始的序列（UTR位置）比较
但一直搞不懂为什麽NCBI就是少了50bp ><
我还从NCBI里直接连到UCSC,但就和我原本用的就是一样的来源
请各位是否可为我解惑，感激不尽
这困扰我好久了.......
话说我查到的sequence又和1990的paper位置又不一样...
这又是怎麽回事＠口＠？
--
※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.112.24.116
1F：推 jabari:ncbi, 你手边1990的paper 有没有cite在序列的资料里. 04/30 02:55
2F：→ jabari:ucsc跟ncbi资料库其实不完全相对, 再加上ensembl就更复杂了 04/30 02:56
3F：→ jabari:建议1. 抓1990paper给的序列, 2. 都抓下来自己align @_@" 04/30 02:57
4F：→ karlin:谢谢楼上,但1990那篇paper并没有我要的长度orz.. 04/30 11:16
5F：→ karlin:而且其实NCBI我不会查promoter sequence 04/30 11:16
6F：→ karlin:所以我才一直用UCSC用得很开心:p 04/30 11:17
7F：→ karlin:那篇paper只有说某factor binding site位置,和我标的不同>< 04/30 11:20
8F：→ karlin:所以mRNA的第一个nt可以算是+1位置吗？<=我是这样算才不同 04/30 11:21
9F：→ Ice9:UCSC 上有很多种送上去或注解的 mRNA。你要比对accession #是 05/07 20:29
10F：→ Ice9:否相同，很多都是 5' 没读完就马上送上网路。另外，ensembl也 05/07 20:30
11F：→ Ice9:有人性化可供目视判读的基因结构，和 UCSC 差不多。 05/07 20:31