作者chiehdis (chiehhime)
看板Biotech
标题Re: [求救] 请问RNA去除genomic DNA的方法
时间Wed Sep 28 22:32:48 2011
或许你可以搜寻我ID(小写a + chiehdis) 看一下是不是类似的问题
如果是的话 相关回文可以看一下 那篇作者很厉害 帮助我很多~~
另外 基於
如何去除gDNA又保持RNA不被降解~提供给你一些我查到的方法:
<<DNase>>
我们家本来用Ambion Turbo ~
方法是加入 enzyme 和 buffer 後 37度 incubate 30分钟
再加入inactivation reagent 4度五分钟後离心取上清液
但RNA浓度和品质受到不小影响~(我想可能是高温的关系)
(但也很可能是我自己操作的失误
因为有强者同方法依旧得到超好看的电泳和数据~)
改良方法
1.Fermentase 37度 10分钟(缩短时间)
2.Roche 室温(较低温) 20分钟(缩短时间)
缺点:但是以上两者皆要过CI 步骤增加 回收量就会少~!!
3.Ambion 以resin当成inactivation reagent (避免化学或热伤害RNA)
http://www.ambion.com/techlib/tn/114/10.html 有原理和比较详细的说明~
缺点:听说奇贵无比!!!!
<<Kit>>
1.Qiagen 的 column
缺点: 较贵 且无法操作很大量~~(对我来说~因为我要的量很多!!!)
<<直接在抽取过程中去除DNA>>
1.TRIzol v.s RNAzol
这是我打去询问一个RNA乾燥产品时 sales提供我的~ (可以跟她拿个3ml的sample试用~)
和粉红色的TRIzol不同 RNAzol是清澈的蓝色液体
号称是TRIzol系列第四代~~ 不用加CI 抽完RNA也不用去DNA
价钱是TRIzol的两倍
但是依我用来抽取真菌的RNA看来 是没有DNA污染 但Nanodrop的值很差~
浓度 纯度 260/230(我用来看多醣污染) 都比TRIzol低
所以就被我丢到一边了.......
(听说抽取另一种真菌和植物的quality也都不好...)
缺点:贵 效果又不佳
最後结果
後来去找了TRIzol的protocol来看 发现其实它
本来就可以去除DNA了!!!
我有跑过非变性电泳~(抱歉手边没图 有空之後补!!)
大於1kb的地方都很乾净~~
其实TRIzol可以用来抽DNA DNA在分层的地方应该会被分到有机层
所以在分层提取的时候 如同之前文章版友的建议
尽量不要吸取到蛋白层的部分 牺牲多一点!!!!!
就可以避免掉DNA的污染了!!!
以上是我的经验 如有错误 请多指教及海涵~
也期望其他版友能提供建议!!
希望有帮助到你 一起加油吧:)
※ 引述《cqw80000 (草履虫)》之铭言:
: 目前的状况是这样的,我们实验室是用TRIzol抽取RNA.
: 抽取的过程中也很顺利,RNA跑完电泳後发现有genomic DNA残留.
: 但是因为要把RNA反转录成cDNA,所以目前是先取出要反转录的RNA的量出来.
: 取出来後打算加入DNase I於37度C作用30分钟後,再於65度C作用5分钟使DNase I失活.
: 我的问题就是在去除genomic DNA的过程中,不知道会不会使RNA降解?
: 假如RNA会降解的话,请问前辈还有什麽方式可以去除已经萃取好的RNA中的genomic DNA.
: 感谢!
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* * * ~呀唷~!!你要带我出去玩嘛??~
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1F:推 cqw80000:感谢前辈的建议!我跟学弟讨论说直接设计跨intron的primer 09/28 22:47
2F:→ cqw80000:不知道是否也可以避免进行Q-PCR时的genomic DNA的干扰? 09/28 22:48
3F:→ chiehdis:楼下该不会是你学弟吧???XD 09/28 23:39
4F:→ chiehdis:这只是我过去的经验啦~因为我的RNA不是用来qPCR的~ 09/28 23:40
5F:→ chiehdis:所以当然以你实验为主罗!!^^ 看起来好像下面那篇回文更能 09/28 23:41
6F:→ chiehdis:帮助到你呢~!!! 09/28 23:41
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