作者Menuet (无聊就是力量)
看板Biotech
标题[求救] 生物资讯学metagenomics关於R的问题
时间Wed Sep 1 04:38:02 2010
各位大德先进好
我的实验是关於metgenomics的分析，
目前都已经利用MG-RAST的pipeline将资料做了初步的整理，
但我老板希望我们能用R里面的程式做一些统计分析，
我目前使用的版本是R-2.11.1，
我查询了paper的结果是要使用vegan当作其中的library，
我安装了，也用使用手册做了一些初步的练习，
但问题就是我不知道要怎麽把我的contigs资料汇进去演算。
目前我懂得的叫出fasta file的方式是在某个library下写出这个指令
list.files(path = system.file("sequences", package = "vegan"), pattern =
" .txt")
(.txt前面的空格是我的档案名)
但是我无法知道要怎麽把这个和vegan分析的指令汇集在一起，
而且目前我只是用单个序列去测试，
等到我真正要分析metagnome时是得放上成千个contigs的，
现在完全不知道怎麽办，
实验室也没有人知道，
请问有谁有相关经验可以告诉我程式指令的吗?
谢谢!
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