作者arzakiii (Duke. Bio)
看板Biotech
标题[求救] 请问一下抽Gram positive细菌genomic DNA的方法
时间Sun Nov 15 18:53:04 2009
各位好
我实验室主要操作的菌株是以放线菌中的Streptomyces为主
现在实验室主要抽取的方式是以CTAB法为主
第一个问题是
我们在破菌的时候使用液态氮研磨的方式
会造成genomic DNA的断裂
虽然不会全部断掉
但是会影响到我们之後使用RE的判断
之前我们学长姐有试过
不用液态氮研磨，只用化学药剂的方式破菌
将菌体加入lysis buffer (Tris、10% SDS、EDTA、2% Triton-X100)
额外加lysozyme 37度 反应半小时
但是不用液态氮
破菌的效果真的是太差了
第二个问题
我们使用CTAB抽取出来的genomic DNA在跑胶的时候
会看到agarose gel有拖尾的现象
会从loading well里面也会被染到
老师是说DNA太脏
但是我们都过几次PCI还是一样很脏
不过我用RE切完以後 就不会有脱尾现象
想问一下有没有方法可以改善的??
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.136.180.113
1F：推 vita895:破菌时间可以久一点吧~ 11/15 20:13
2F：→ ROKEE:做Southern吗? 那跑胶时DNA浓度低一点吧 11/15 20:55
老师希望SOUTHERN的DNA浓度要很浓会比较好 = =
3F：推 kemp6611:去买抽total DNA的kit来抽ㄚ....非常快速!! 11/15 23:29
老师非常讨厌用kit她觉得kit很贵 不划算，用传统法最好 Orz...
※ 编辑: arzakiii 来自: 140.136.180.113 (11/16 16:11)
4F：推 rivor:用水煮啊,..我以前用微波耶.. 11/16 18:07