作者sharkcell (我好想念你,Chic)
看板Biotech
标题Re: [求救] 蛋白质浓度定量 for SDS-PAGE
时间Sun Oct 11 02:41:11 2009
※ 引述《pent (情人去死)》之铭言:
: 抱歉,问个笨问题
: bradford assay测浓度,BSA建standard curve
: duplicate,96-well plate
: sample 10ul+ 190 bradford reagent
: reagent 5倍稀释
: (mg/ml)
: sample OD1 OD2 average
: 1 1.0329 1.0275 1.0302
: 0.5 0.7091 0.714 0.71155
: 0.25 0.3947 0.439 0.41685
: 0.125 0.209 0.2159 0.21245
: 0.0625 0.0833 0.0659 0.0746
^^^^^^^^^^
你都是2倍稀释,
中间应该穿插个其他质数倍数的稀释,像是3倍或5倍
: Blank 0.0034 -0.0034
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
Blank是什麽?空的还是有加buffer?
目前我做过的实验
吸光值是没有负值的,所以我也采用
基本上我会建议Blank要放等体积的Buffer去和Bradford混合
而非单纯只加Bradford,甚至是什麽都不加
以你的实验而言就是10uL sample buffer + 190uL Bradford
我帮你利用你的数值重新算过一次
看图的感觉是浓度1已经饱和了
这也是Bradford常有的问题,浓度1对他而言浓度太高,会低估
所以我将浓度1的这个点去除不拿来作为曲线的参考值
结果为:y = 1.4199x + 0.0211 R平方=0.9849
: 100倍稀释
: sample average conc.
: IP 0.0134 0.0118 0.0126 -7.136746
: before 0.0326 0.035 0.0338 -5.095398
: A 0.101 0.1 0.1005 1.327145
: B 0.0675 0.0707 0.0691 -1.696361
: 趋势线的公式:y=0.9629x-0.0835 r square>0.95
^^^^^^^^^^^^^
第一点,也是很重要的一个基础点,
r平方值要大於0.99
其实你的技术还不差但还需要再以加熟练
但因为你的1/4跟1/16的二重覆相差颇大
我以人工选择的方式利用以下数据作曲线
Standard OD1 OD2 AV
1/2 0.71155
1/4 0.3947
1/8 0.21245
1/16 0.0833
得到结果为:
y = 1.4035x + 0.0216 R平方=0.9931
虽然得到漂亮的数值,但是参考的点数太少,基本上还是建议你重做
这个人工筛选是很不得已的情况才做,毕竟是一个很主观的作法
不符合
实验需要"客观"的研究跟探讨的态度
第二点,以
你的结果数据来看,100倍稀释太多了
(为什麽会说"你的数据"是因为你的算法)
浓度一旦出现负值,一定是你稀释过度
这是一个观念,得到负值时要注意
但是,如果以我帮你重新作出来的数据来算的话结果如下
Sample Av.OD Conc.
A 0.1005 5.621660135
B 0.0691 3.384396152
就都是正值啦!!
看起来虽然有数据好像可以使用,但是因为你只有做一个稀释
这样的数据并不可靠,你应该做个其他稀释倍数然後取平均值
例如:1/20,1/30,1/50等等
(建议不要做连续稀释,要分开稀释不同倍数)
另外,B样品吸光值由於不落在我做出来区线的吸光值内
也就是说我的曲线吸光值可用区在:0.71155~0.0833
所以不能保证B样品的浓度可信任,总言之:
我算出来的结果,
A样品的浓度可信度比B样品高
: 1.想请问因为我IP完後,浓度反而低於IP前,是不是我那一步错误,
: 这样正常吗?
做IP浓度变低是正常的
毕竟你去除了一些你不要的蛋白质
加上沉淀再回溶的步骤一定也会有所损失
除非你有做很高倍的浓缩,不然IP只是帮你做类似纯化的步骤
: 2.bradford assay测的浓度可以在低吗?我想建一条standard,浓度到0.0625mg/ml以下
: ,我刚抽出来的protein浓度太稀了,因为这是很重要的sample,又有点赶时间
standard curve的建议很重要
但是如果你的样品浓度太低我则建议不要稀释样品去测
如果可以用BCA就用,个人认为效果比bradford来的精准
另外浓度1对於BCA而言并不会饱和,反倒是浓度2才有机会过饱和
: 3.超级笨问题 先将sample OD带入趋势线公式在乘回稀释倍数,
: 还是先将OD*diluent factor?
假设你的回归公式为:y=ax+b
且一个稀释N倍的样品得到的吸光值为y
则样品原始浓度为:N[(y-b)/a]
利用这个公式你就可以知道
实际浓度N[(y-b)/a] 绝对不等於 (Ny-b)/a
所以说,稀释倍数是最後再乘回去的
: 感激不尽<(_._)>
我建议最好还是重新作一遍蛋白质定量,别浪费这次抽出来的蛋白质
虽然不敢保证我的想法一定全部正确,但可以互相讨论
加油~生技的未来要靠大家一起打拼T_T
想说这是一个很好的例子可以让初学者学会试误学习
所以花了一些时间整理这个例子中出现的一些盲点
让原本整个数据好像完全不能采用的情况多一些参考价值
以便下一次再做同样实验时可以知道该如何修改实验的步骤
原po应该还是初学者吧~可以多跟实验室的学长姐们讨论唷^O^
※ 编辑: sharkcell 来自: 118.160.233.103 (10/11 03:21)
※ 编辑: sharkcell 来自: 118.160.233.103 (10/11 03:27)
※ 编辑: sharkcell 来自: 118.160.233.103 (10/11 03:27)
1F:推 pent:大感谢<_._> 10/11 22:55
2F:推 SkyChaos:感谢您的认真 10/12 14:10
3F:推 chvkimo:大推喔~~ 10/12 22:55
4F:→ Anvec:blank吸光值出现负值 是因为软体的校正 10/13 23:14
5F:→ Anvec:就是二重覆的blank取平均值当背景值 全部读值一起扣背景值 10/13 23:15
6F:→ Anvec:blank就会出现负的 10/13 23:16
7F:→ sharkcell:A大,我的意思是单纯吸光值的定义,应该不会有负值 10/14 22:48
8F:→ sharkcell:也许我说的不是很清楚,但希望原po能了解 10/14 22:48
9F:推 lucidol:Bradford线性范围只落在0.2-0.8mg/ml...1mg/ml已经不准了 10/19 16:48