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想请问一下 这个alignment该怎麽做 http://0rz.tw/d63Wk SWISS-MODEL页面 进入後点选Alignment Mode 接着在框框输入欲比对的Protein sequence跟Template sequence 麻烦有兴趣的直接复制以下 Target Sequence(这个不用复制) >P23219|PGH1_HUMAN Prostaglandin G/H synthase 1 - Homo sapiens (Human). MSRSLLLRFLLFLLLLPPLPVLLADPGAPTPVNPCCYYPCQHQGICVRFGLDRYQCDCTR TGYSGPNCTIPGLWTWLRNSLRPSPSFTHFLLTHGRWFWEFVNATFIREMLMRLVLTVRS NLIPSPPTYNSAHDYISWESFSNVSYYTRILPSVPKDCPTPMGTKGKKQLPDAQLLARRF LLRRKFIPDPQGTNLMFAFFAQHFTHQFFKTSGKMGPGFTKALGHGVDLGHIYGDNLERQ YQLRLFKDGKLKYQVLDGEMYPPSVEEAPVLMHYPRGIPPQSQMAVGQEVFGLLPGLMLY ATLWLREHNRVCDLLKAEHPTWGDEQLFQTTRLILIGETIKIVIEEYVQQLSGYFLQLKF DPELLFGVQFQYRNRIAMEFNHLYHWHPLMPDSFKVGSQEYSYEQFLFNTSMLVDYGVEA LVDAFSRQIAGRIGGGRNMDHHILHVAVDVIRESREMRLQPFNEYRKRFGMKPYTSFQEL VGEKEMAAELEELYGDIDALEFYPGLLLEKCHPNSIFGESMIEIGAPFSLKGLLGNPICS PEYWKPSTFGGEVGFNIVKTATLKKLVCLNTKTCPYVSFRVPDASQDDGPAVERPSTEL Template sequence(这个不用复制) >gi|55670189|pdb|1U67|A Chain A, Crystal Structure Of Arachidonic Acid Bound To A Mutant Of Prostagladin H Synthase-1 That Forms Predominantly 11- Hpete. MSRQSISLRFPLLLLLLSPSPVFSADPGAPAPVNPCCYYPCQHQGICVRFGLDRYQCDCTR TGYSGPNCTIPEIWTWLRTTLRPSPSFIHFLLTHGRWLWDFVNATFIRDTLMRLVLTVRSN LIPSPPTYNIAHDYISWESFSNVSYYTRILPSVPRDCPTPMGTKGKKQLPDAEFLSRRFLL RRKFIPDPQGTNLMFAFFAQHFTHQFFKTSGKMGPGFTKALGHGVDLGHIYGDNLERQYQL RLFKDGKLKYQMLNGEVYPPSVEEAPVLMHYPRGIPPQSQMAVGQEVFGLLPGLMLYATIW LREHNRVCDLLKAEHPTWGDEQLFQTARLILIGETIKIVIEEYAQQLSGYFLQLKFDPELL FGAQFQYRNRIAMEFNQLYHFHPLMPDSFRVGPQDYSYEQFLFNTSMLVDYGVEALVDAFS RQPAGRIGGGRNIDHHILHVAVDVIKESRVLRLQPFNEYRKRFGMKPYTSFQELTGEKEMA AELEELYGDIDALEFYPGLLLEKCHPNSIFGESMIEMGAPFSLKGLLGNPICSPEYWKAST FGGEVGFNLVKTATLKKLVCLNTKTCPYVSFHVPDPRQEDRPGVERPPTEL 两个一起都复制到框框里 接着按下submit alignment之後进入第二个页面 Target Sequence 跟 Template Sequence 如果照上面顺序放 就不用重新选择了 PDB-code 是1U67 Chain-ID我不知道所以空着 再按一次submit alignment 结果却是 Your Alignment seems incorrect.Please go BACK and correct your input. () 我试了好几种方法 也换过其他序列去比对 结果都是这样子 想请问有没有有经验的人 能跟我说我在哪个步骤错了 谢谢 --



※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 59.124.121.226
1F:推 sqqs:我喜欢用 http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/ 04/24 01:28
2F:推 lingon:你第二个sequence不是fasta 04/24 06:36
3F:→ lingon:fasta 的format是> header 一行, 下一行开始就是sequence 04/24 06:37
4F:→ amon7279:楼上 我知道 可是为了排版方便才这样排的@@ 04/24 10:18







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