作者rockdan (冻结一切)
看板Biotech
标题[问题]想请问DNA triplex formation的条件
时间Wed Sep 5 14:03:11 2007
请教各位高手
我最近在做双股DAN和一股oligonucleotide形成triplex DNA的实验
结果是要用EMSA的方式观察
如果成功的话
结果是triplex因为分子结构变大所以band会高於双股DAN的band
但是做了很多次 都没有做出triplex的结果出来 只看见双股的band
我有去查过一些文献的做法
目前已知要形成triplex必须在高Mg2+的离子浓度下 也不可以有K+的存在下
而我目前的的作法是
加入binding buffer和PCR合好的双股和oligonucleotide去反应24hr或48hr在室温
而binding buffer的成分是90mM tris-HCl,90mM boric acid, 10mM MgCl2,ph=7.4
由於我的oligonucleotide是purine组成的15mer(A,G rich)
所以paper有说ph值要在7.4的环境下
但是我这些都有做了 还是做不出结果出来
所以想请问有做过类似实验的高手们
在做双股DAN和一股oligonucleotide形成triplex DNA时binding是否还有需要注意的地方
例如是否要加热加速他们反应或是其他的详细条件
排版很乱 很抱歉 希望耐心的看完它
先在这说声谢谢了
感恩 <(_ _)>
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