作者kfc880 (普雷萬)
看板Statistics
標題[問題] SPSS 基因交互作用
時間Mon Aug 11 21:58:38 2014
老師突然丟了一份Excel檔案，叫我做基因交互作用對某疾病關係，
表格大概如下:
rs4762 rs5051 rs699 rs110 rs5050 rs5049 rs2148 | rs5182 rs5186 | class
GG CT GA CC TT CC GA | TT AA | 1
GG TT GG CC TT CC GG | TT AA | 1
GA TT GG CC GT CC GG | CC AA | 0
rsxxx:基因位點(?)
class:病患=1，對照組=0
分隔線為兩種基因(AGT、ATR1)，
因為小弟本身不是生物統計相關(電資)，
只知道大概是用logistic回歸分析，
還麻煩前輩指點明路。
謝謝。
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1F：推 ching0629: 遺傳統計有許多名詞混用，你必須先說明何謂"交互作用" 08/12 20:52
2F：→ ching0629: 假定有一個方程式: ln(p/1-p)=b0+b1x1+b2x2+b3x1x2 08/12 20:54
3F：→ ching0629: 統計學家似乎把b3視為交互作用項，若你想檢定這，那你 08/12 20:55
4F：→ ching0629: 想的就沒錯。 08/12 20:55
5F：→ ching0629: 但我知道有生物學家認為所謂的交互作用是指這兩個基因 08/12 20:56
6F：→ ching0629: 總是一起工作，根據這個想法，整個Model的效應都必須被 08/12 20:57
7F：→ ching0629: 一起考慮，因為main effect也同樣重要，這時候有人是採 08/12 20:58
8F：→ ching0629: 用Multifactor dimensionality reduction(MDR)。 08/12 20:59
9F：→ ching0629: 另外，若考慮到你列出的這些SNPs，有可能有連鎖的情形 08/12 20:59
10F：→ ching0629: 也有人將上式的x1,x2從SNPs改成haplotypes。 08/12 21:00