作者kfc880 (普雷万)
看板Statistics
标题[问题] SPSS 基因交互作用
时间Mon Aug 11 21:58:38 2014
老师突然丢了一份Excel档案，叫我做基因交互作用对某疾病关系，
表格大概如下:
rs4762 rs5051 rs699 rs110 rs5050 rs5049 rs2148 | rs5182 rs5186 | class
GG CT GA CC TT CC GA | TT AA | 1
GG TT GG CC TT CC GG | TT AA | 1
GA TT GG CC GT CC GG | CC AA | 0
rsxxx:基因位点(?)
class:病患=1，对照组=0
分隔线为两种基因(AGT、ATR1)，
因为小弟本身不是生物统计相关(电资)，
只知道大概是用logistic回归分析，
还麻烦前辈指点明路。
谢谢。
--
※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc), 来自: 140.117.168.23
※ 文章网址: http://webptt.com/cn.aspx?n=bbs/Statistics/M.1407765524.A.EE6.html
1F：推 ching0629: 遗传统计有许多名词混用，你必须先说明何谓"交互作用" 08/12 20:52
2F：→ ching0629: 假定有一个方程式: ln(p/1-p)=b0+b1x1+b2x2+b3x1x2 08/12 20:54
3F：→ ching0629: 统计学家似乎把b3视为交互作用项，若你想检定这，那你 08/12 20:55
4F：→ ching0629: 想的就没错。 08/12 20:55
5F：→ ching0629: 但我知道有生物学家认为所谓的交互作用是指这两个基因 08/12 20:56
6F：→ ching0629: 总是一起工作，根据这个想法，整个Model的效应都必须被 08/12 20:57
7F：→ ching0629: 一起考虑，因为main effect也同样重要，这时候有人是采 08/12 20:58
8F：→ ching0629: 用Multifactor dimensionality reduction(MDR)。 08/12 20:59
9F：→ ching0629: 另外，若考虑到你列出的这些SNPs，有可能有连锁的情形 08/12 20:59
10F：→ ching0629: 也有人将上式的x1,x2从SNPs改成haplotypes。 08/12 21:00