作者kfc880 (普雷万)
看板Statistics
标题[问题] SPSS 基因交互作用
时间Mon Aug 11 21:58:38 2014
老师突然丢了一份Excel档案,叫我做基因交互作用对某疾病关系,
表格大概如下:
rs4762 rs5051 rs699 rs110 rs5050 rs5049 rs2148 | rs5182 rs5186 | class
GG CT GA CC TT CC GA | TT AA | 1
GG TT GG CC TT CC GG | TT AA | 1
GA TT GG CC GT CC GG | CC AA | 0
rsxxx:基因位点(?)
class:病患=1,对照组=0
分隔线为两种基因(AGT、ATR1),
因为小弟本身不是生物统计相关(电资),
只知道大概是用logistic回归分析,
还麻烦前辈指点明路。
谢谢。
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1F:推 ching0629: 遗传统计有许多名词混用,你必须先说明何谓"交互作用" 08/12 20:52
2F:→ ching0629: 假定有一个方程式: ln(p/1-p)=b0+b1x1+b2x2+b3x1x2 08/12 20:54
3F:→ ching0629: 统计学家似乎把b3视为交互作用项,若你想检定这,那你 08/12 20:55
4F:→ ching0629: 想的就没错。 08/12 20:55
5F:→ ching0629: 但我知道有生物学家认为所谓的交互作用是指这两个基因 08/12 20:56
6F:→ ching0629: 总是一起工作,根据这个想法,整个Model的效应都必须被 08/12 20:57
7F:→ ching0629: 一起考虑,因为main effect也同样重要,这时候有人是采 08/12 20:58
8F:→ ching0629: 用Multifactor dimensionality reduction(MDR)。 08/12 20:59
9F:→ ching0629: 另外,若考虑到你列出的这些SNPs,有可能有连锁的情形 08/12 20:59
10F:→ ching0629: 也有人将上式的x1,x2从SNPs改成haplotypes。 08/12 21:00