作者anovachen (囧)
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標題[程式] [SAS] two-way ANOVA
時間Fri Apr 26 01:49:11 2013
[軟體程式類別]:
SAS
[程式問題]:
分層分析和探討主效應
[軟體熟悉度]:
高(1年以上)
[問題敘述]:
題目是：
The effect of cancer staging on survival according to patient's age
年齡分層分為兩層(1,2)，
期別有三期(1,2,3)，
題目要算期別在不同年齡分層上的p-value。
這要用下列哪種做法才正確？
注意：下列兩種做法算得的p-value不同。
[程式範例]:
探討不同期別在不同年齡水準上對於存活時間的主效應：
proc glm data=brca;
class grading age_group;
model time= age_group grading(age_group);
contrast "grade at age1" grading(age_group) 1 -1 0 0 0 0, grading(age_group)
0 1 -1 0 0 0;
contrast "grade at age2" grading(age_group) 0 0 0 1 -1 0, grading(age_group)
0 0 0 0 1 -1;
run;
分層分析：把資料依照年齡分層拆成兩個dataset，分別跑one-way ANOVA。
data age1; set brca;where age_group="1";run;
data age2; set brca;where age_group="2";run;
proc glm data=age1; class grading; model time=grading; means grading; run;
proc glm data=age2; class grading; model time=grading; means grading; run;
方法一：
The SAS System
GLM 程序
應變數: time Time (months)
來源 DF 平方和 均方 F 值 Pr > F
模型 5 17219.0384 3443.8077 4.29 0.0007
誤差 914 733677.3151 802.7104
已校正的總計 919 750896.3535
R 平方 變異係數 根 MSE time 平均值
0.022931 61.46420 28.33214 46.09536
來源 DF 類型 I SS 均方 F 值 Pr > F
age_group 1 3860.22629 3860.22629 4.81 0.0286
grading(age_group) 4 13358.81215 3339.70304 4.16 0.0024
來源 DF 類型 III SS 均方 F 值 Pr > F
age_group 1 2771.75318 2771.75318 3.45 0.0635
grading(age_group) 4 13358.81215 3339.70304 4.16 0.0024
對比 DF 對比 SS 均方 F 值 Pr > F
grade at age1 2 3308.42352 1654.21176 2.06 0.1279
grade at age2 2 10050.38862 5025.19431 6.26 0.0020
方法二：
The SAS System
GLM 程序
應變數: time Time (months)
來源 DF 平方和 均方 F 值 Pr > F
模型 2 3308.4235 1654.2118 2.02 0.1342
誤差 321 262730.2533 818.4743
已校正的總計 323 266038.6768
R 平方 變異係數 根 MSE time 平均值
0.012436 58.53674 28.60899 48.87356
來源 DF 類型 I SS 均方 F 值 Pr > F
grading 2 3308.423521 1654.211761 2.02 0.1342
來源 DF 類型 III SS 均方 F 值 Pr > F
grading 2 3308.423521 1654.211761 2.02 0.1342
The SAS System
GLM 程序
應變數: time Time (months)
來源 DF 平方和 均方 F 值 Pr > F
模型 2 10050.3886 5025.1943 6.33 0.0019
誤差 593 470947.0618 794.1772
已校正的總計 595 480997.4504
R 平方 變異係數 根 MSE time 平均值
0.020895 63.20760 28.18115 44.58507
來源 DF 類型 I SS 均方 F 值 Pr > F
grading 2 10050.38862 5025.19431 6.33 0.0019
來源 DF 類型 III SS 均方 F 值 Pr > F
grading 2 10050.38862 5025.19431 6.33 0.0019
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◆ From: 140.116.67.123
※ 編輯: anovachen 來自: 140.116.67.123 (04/26 01:53)
1F：→ andrew43:拆開做anova對殘差的變方估計會比較不準確. 04/28 01:29
2F：→ andrew43:不過我不知道你如此設立contrast是否合適且符合巢式設計. 04/28 01:31
3F：→ andrew43:仔細看了一下, 其實二種方法的f值分子是一樣的, 04/28 01:36
4F：→ andrew43:差別真的只有在分母, 也就是殘差變方. 04/28 01:37
5F：→ andrew43:既然第一個方法估的殘差變方較優, 應採用之. 04/28 01:38
6F：→ anovachen:謝謝！ 04/28 17:01