作者anovachen (囧)
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标题[程式] [SAS] two-way ANOVA
时间Fri Apr 26 01:49:11 2013
[软体程式类别]:
SAS
[程式问题]:
分层分析和探讨主效应
[软体熟悉度]:
高(1年以上)
[问题叙述]:
题目是：
The effect of cancer staging on survival according to patient's age
年龄分层分为两层(1,2)，
期别有三期(1,2,3)，
题目要算期别在不同年龄分层上的p-value。
这要用下列哪种做法才正确？
注意：下列两种做法算得的p-value不同。
[程式范例]:
探讨不同期别在不同年龄水准上对於存活时间的主效应：
proc glm data=brca;
class grading age_group;
model time= age_group grading(age_group);
contrast "grade at age1" grading(age_group) 1 -1 0 0 0 0, grading(age_group)
0 1 -1 0 0 0;
contrast "grade at age2" grading(age_group) 0 0 0 1 -1 0, grading(age_group)
0 0 0 0 1 -1;
run;
分层分析：把资料依照年龄分层拆成两个dataset，分别跑one-way ANOVA。
data age1; set brca;where age_group="1";run;
data age2; set brca;where age_group="2";run;
proc glm data=age1; class grading; model time=grading; means grading; run;
proc glm data=age2; class grading; model time=grading; means grading; run;
方法一：
The SAS System
GLM 程序
应变数: time Time (months)
来源 DF 平方和 均方 F 值 Pr > F
模型 5 17219.0384 3443.8077 4.29 0.0007
误差 914 733677.3151 802.7104
已校正的总计 919 750896.3535
R 平方 变异系数 根 MSE time 平均值
0.022931 61.46420 28.33214 46.09536
来源 DF 类型 I SS 均方 F 值 Pr > F
age_group 1 3860.22629 3860.22629 4.81 0.0286
grading(age_group) 4 13358.81215 3339.70304 4.16 0.0024
来源 DF 类型 III SS 均方 F 值 Pr > F
age_group 1 2771.75318 2771.75318 3.45 0.0635
grading(age_group) 4 13358.81215 3339.70304 4.16 0.0024
对比 DF 对比 SS 均方 F 值 Pr > F
grade at age1 2 3308.42352 1654.21176 2.06 0.1279
grade at age2 2 10050.38862 5025.19431 6.26 0.0020
方法二：
The SAS System
GLM 程序
应变数: time Time (months)
来源 DF 平方和 均方 F 值 Pr > F
模型 2 3308.4235 1654.2118 2.02 0.1342
误差 321 262730.2533 818.4743
已校正的总计 323 266038.6768
R 平方 变异系数 根 MSE time 平均值
0.012436 58.53674 28.60899 48.87356
来源 DF 类型 I SS 均方 F 值 Pr > F
grading 2 3308.423521 1654.211761 2.02 0.1342
来源 DF 类型 III SS 均方 F 值 Pr > F
grading 2 3308.423521 1654.211761 2.02 0.1342
The SAS System
GLM 程序
应变数: time Time (months)
来源 DF 平方和 均方 F 值 Pr > F
模型 2 10050.3886 5025.1943 6.33 0.0019
误差 593 470947.0618 794.1772
已校正的总计 595 480997.4504
R 平方 变异系数 根 MSE time 平均值
0.020895 63.20760 28.18115 44.58507
来源 DF 类型 I SS 均方 F 值 Pr > F
grading 2 10050.38862 5025.19431 6.33 0.0019
来源 DF 类型 III SS 均方 F 值 Pr > F
grading 2 10050.38862 5025.19431 6.33 0.0019
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◆ From: 140.116.67.123
※ 编辑: anovachen 来自: 140.116.67.123 (04/26 01:53)
1F：→ andrew43:拆开做anova对残差的变方估计会比较不准确. 04/28 01:29
2F：→ andrew43:不过我不知道你如此设立contrast是否合适且符合巢式设计. 04/28 01:31
3F：→ andrew43:仔细看了一下, 其实二种方法的f值分子是一样的, 04/28 01:36
4F：→ andrew43:差别真的只有在分母, 也就是残差变方. 04/28 01:37
5F：→ andrew43:既然第一个方法估的残差变方较优, 应采用之. 04/28 01:38
6F：→ anovachen:谢谢！ 04/28 17:01