作者ckWade (只好喜歡自己)
看板Statistics
標題Re: [程式] 在R上要算Competing Risk求救
時間Mon Mar 11 14:45:22 2013
: [軟體程式類別]:
: R
: [程式問題]:
: Competing Risk
: [軟體熟悉度]:
: 新手(不到1個月)
: [問題敘述]:
: 想用R來跑Competing Risk的模型，參照論文是
: Tutorial in biostatistics: Competing risks and multi-state models 這一篇
: 然後我找到了一個叫做cmprsk的package，指令語法是
: crr(ftime,fstatus,cov)，但是我想做的不用到Regression，那cov的部分
: 不知道怎麼處理，我舉一下我問題的範例:
: ftime = 5 12 15 16 19 20
: fstatsus = 0 1 1 2 0 1
: 0表示censored data
: 1表示這時間走到state 1
: 2表示這時間走到state 2
: 我要算出S(t),I1(t),I2(t) 應該都是階梯函數，該如何操作才對?
: ---------------------------------------------------------------------------
: 另外我又遇到了一個package安裝上的問題，之前照著步驟下載cmprsk這個package
: 然後程式告訴我說還要load splines survival 這兩個package，之前照著做可以執行
:
: 但我R關掉重開之後，package就找不到了，按照上面步驟重新安裝一次還是不能執行，
: 是有漏掉什麼步驟嗎? 因為剛開始學R很多東西都不熟悉，問題很蠢的話還請多多指教
:
: --
:
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
: ◆ From: 118.167.79.51
: 推 Wush978:先處理後面安裝的部份吧。你輸入: 03/11 14:15
: → Wush978:install.packages("cmprsk") 之後，錯誤訊息是什麼呢？ 03/11 14:15
Installing package(s) into ‘C:/Users/L650/Documents/R/win-library/2.15’
(as ‘lib’ is unspecified)
trying URL
'
http://cran.csie.ntu.edu.tw/bin/windows/contrib/2.15/cmprsk_2.2-4.zip'
Content type 'application/zip' length 82329 bytes (80 Kb)
opened URL
downloaded 80 Kb
package ‘cmprsk’ successfully unpacked and MD5 sums checked
The downloaded binary packages are in
C:\Users\L650\AppData\Local\Temp\RtmpgZws8R\downloaded_packages
看起來好像有成功安裝package? 但用crr會出現 could not find function "crr"
: → Wush978:另外可以的話，請提供sessionInfo()的輸出內容 03/11 14:16
R version 2.15.3 (2013-03-01)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
locale:
[1] LC_COLLATE=Chinese (Traditional)_Taiwan.950
[2] LC_CTYPE=Chinese (Traditional)_Taiwan.950
[3] LC_MONETARY=Chinese (Traditional)_Taiwan.950
[4] LC_NUMERIC=C
[5] LC_TIME=Chinese (Traditional)_Taiwan.950
attached base packages:
[1] splines stats graphics grDevices utils datasets methods
[8] base
other attached packages:
[1] survival_2.37-2
loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_2.15.3
不好意思不知道哪個是重要資訊，所以全部貼上來了，謝謝 @@
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 118.167.79.51
1F：推 Wush978:你使用crr之前有沒有先library(cmprsk)呢? 03/11 14:47
2F：→ Wush978:看起來你忘記載入cmprsk了 03/11 14:48
3F：→ ckWade:非常感謝 是我忘了這個步驟!!!! 03/11 14:52