作者gsuper (Logit(odds))
看板Statistics
標題[問題] Haplotype 的 EM 演算法 報表解讀
時間Mon Nov 19 16:46:40 2012
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Haplotypes
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snp1 snp2 snp3 hap.freq
1 1 1 1 0.00952
2 1 1 2 0.04884
3 1 2 1 0.90899
4 1 2 2 0.01023
5 2 1 1 0.00219
6 2 1 2 0.00874
7 2 2 1 0.01078
8 2 2 2 0.00070
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Details
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lnlike = -1454.425
lr stat for no LD = 1072.72 , df = 4 ,
p-val = 0
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我餵給 R 的 haplo.stats::
haplo.em() 3 個 genotypes
他跑出來的結果有兩項重點
1. 8種 Haplotypes 的組合 , 以及其估計頻率
2.
p-value of log likehood test
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作者對 p-value 的解釋如下
The final log likehood statistic and the lr stat for no LD,
which is the likelihood ratio test statistic contrasting the lnlike
for the estimated haplotype frequencies versus the lnlike under the
null assuming that alleles from all loci are in linkage equilibrium.
看來看去 , 我還是不能理解 , p-value 顯著究竟代表
1.
有連鎖不平衡
2.
沒有連鎖不平衡
實在是搞不清楚 Null hypothesis 是哪個
懇請有經驗的高手指點
我自己是這樣解讀
"顯著" = "並非所有 genotypes 之間都具有連鎖不平衡的效應"
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.113.239.247
※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (11/19 16:47)
※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (11/19 16:47)
※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (11/19 16:55)
※ gsuper:轉錄至看板 BioMedInfo 11/19 17:05
1F：→ ching0629:H0 = 全部獨立 = 無連鎖不平衡 11/19 17:15
這麼說 Ha : at least one pair of genotypes are LD
還是 Ha : all genotypes are LD
????
先謝謝你的回答
幫大忙了
※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (11/19 18:59)
2F：→ clickhere:8種是因為2^3, 它是final mixture的組合. 11/22 11:05
3F：→ clickhere:under H0: p = 1/8 沒有 LD i.e. linkage equilibrium. 11/22 11:06
4F：→ clickhere:如果獨立, 那8種的出現頻率會接近1/8. 11/22 11:07
5F：→ clickhere:顯著表示這三個snp有linkage. 非隨機或cross over造成的 11/22 11:09
6F：→ clickhere:應該是loci 之間都具有連鎖不平衡的效應. 非genotype. 11/22 11:10
7F：→ clickhere:Ha: three snp are LD (pair 也另外兩兩各別做) 11/22 11:13
8F：→ JeanYCY:H0 是指3個snp組成haplotyp的時候獨立 11/22 11:41
9F：→ JeanYCY:所以所有可能的haplotype只需要三個snp的freq.就能推算 11/22 11:42
10F：推 JeanYCY:Ha 是指出現的haplotype由haplo.em估計 11/22 11:45
11F：→ JeanYCY:所以這個lr stat的df是[8-1]-[(2-1)+(2-1)+(2-1)] = 4 11/22 11:46