作者gsuper (Logit(odds))
看板Statistics
标题[问题] Haplotype 的 EM 演算法 报表解读
时间Mon Nov 19 16:46:40 2012
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Haplotypes
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snp1 snp2 snp3 hap.freq
1 1 1 1 0.00952
2 1 1 2 0.04884
3 1 2 1 0.90899
4 1 2 2 0.01023
5 2 1 1 0.00219
6 2 1 2 0.00874
7 2 2 1 0.01078
8 2 2 2 0.00070
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Details
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lnlike = -1454.425
lr stat for no LD = 1072.72 , df = 4 ,
p-val = 0
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我喂给 R 的 haplo.stats::
haplo.em() 3 个 genotypes
他跑出来的结果有两项重点
1. 8种 Haplotypes 的组合 , 以及其估计频率
2.
p-value of log likehood test
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作者对 p-value 的解释如下
The final log likehood statistic and the lr stat for no LD,
which is the likelihood ratio test statistic contrasting the lnlike
for the estimated haplotype frequencies versus the lnlike under the
null assuming that alleles from all loci are in linkage equilibrium.
看来看去 , 我还是不能理解 , p-value 显着究竟代表
1.
有连锁不平衡
2.
没有连锁不平衡
实在是搞不清楚 Null hypothesis 是哪个
恳请有经验的高手指点
我自己是这样解读
"显着" = "并非所有 genotypes 之间都具有连锁不平衡的效应"
--
※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.113.239.247
※ 编辑: gsuper 来自: 140.113.239.247 (11/19 16:47)
※ 编辑: gsuper 来自: 140.113.239.247 (11/19 16:47)
※ 编辑: gsuper 来自: 140.113.239.247 (11/19 16:55)
※ gsuper:转录至看板 BioMedInfo 11/19 17:05
1F：→ ching0629:H0 = 全部独立 = 无连锁不平衡 11/19 17:15
这麽说 Ha : at least one pair of genotypes are LD
还是 Ha : all genotypes are LD
????
先谢谢你的回答
帮大忙了
※ 编辑: gsuper 来自: 140.113.239.247 (11/19 18:59)
2F：→ clickhere:8种是因为2^3, 它是final mixture的组合. 11/22 11:05
3F：→ clickhere:under H0: p = 1/8 没有 LD i.e. linkage equilibrium. 11/22 11:06
4F：→ clickhere:如果独立, 那8种的出现频率会接近1/8. 11/22 11:07
5F：→ clickhere:显着表示这三个snp有linkage. 非随机或cross over造成的 11/22 11:09
6F：→ clickhere:应该是loci 之间都具有连锁不平衡的效应. 非genotype. 11/22 11:10
7F：→ clickhere:Ha: three snp are LD (pair 也另外两两各别做) 11/22 11:13
8F：→ JeanYCY:H0 是指3个snp组成haplotyp的时候独立 11/22 11:41
9F：→ JeanYCY:所以所有可能的haplotype只需要三个snp的freq.就能推算 11/22 11:42
10F：推 JeanYCY:Ha 是指出现的haplotype由haplo.em估计 11/22 11:45
11F：→ JeanYCY:所以这个lr stat的df是[8-1]-[(2-1)+(2-1)+(2-1)] = 4 11/22 11:46