作者ching0629 (Syameroke)
看板Statistics
標題[程式] 利用R執行GWAS
時間Thu Jul 12 23:38:30 2012
[軟體程式類別]:
R
[程式問題]:
希望利用R來練習GWAS的分析,但遭遇很多困難
[軟體熟悉度]:
中(3個月到1年)
[問題敘述]:
目前在網路上找到一些看起來可以執行GWAS分析的package,但遇到很大的瓶頸,因為示範資
料的型態看起來和我想像的差很多(只有SNPassoc中的HapMap和我想像的比較相同)
在我的想像中GWAS分析的資料應該是一組case,一組control,然後每個人除了一些基本的人
口學變項之外,剩下的應該是一堆SNP的型態,但這下列三個package中卻只有一個demodata
長的和我想像的一樣
因此我有點難以將這些package中的程式碼互相串連,也不太有辦法判斷若真的有GWAS的資
料需要分析時,我應該如何下手,因此我想請問各位看能不能給我指點一個方向,如應該先由
哪個package開始練習起...
或是我根本就想錯了,GWAS分析的資料並不是像我想像的那樣...
[程式範例]:
目前找到的是下列三個Package:
genetics
GenABEL
SNPassoc
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◆ From: 27.105.51.242
2F：→ popmentos:最近幫人用這個程式架網站，它的底層是用 R 寫的 07/12 23:41
3F：→ ching0629:感謝,我試用看看 07/13 19:00
4F：→ gsuper:自己算真的超累... LD,檢定,permutation... 07/17 20:16