作者ching0629 (Syameroke)
看板Statistics
标题[程式] 利用R执行GWAS
时间Thu Jul 12 23:38:30 2012
[软体程式类别]:
R
[程式问题]:
希望利用R来练习GWAS的分析,但遭遇很多困难
[软体熟悉度]:
中(3个月到1年)
[问题叙述]:
目前在网路上找到一些看起来可以执行GWAS分析的package,但遇到很大的瓶颈,因为示范资
料的型态看起来和我想像的差很多(只有SNPassoc中的HapMap和我想像的比较相同)
在我的想像中GWAS分析的资料应该是一组case,一组control,然後每个人除了一些基本的人
口学变项之外,剩下的应该是一堆SNP的型态,但这下列三个package中却只有一个demodata
长的和我想像的一样
因此我有点难以将这些package中的程式码互相串连,也不太有办法判断若真的有GWAS的资
料需要分析时,我应该如何下手,因此我想请问各位看能不能给我指点一个方向,如应该先由
哪个package开始练习起...
或是我根本就想错了,GWAS分析的资料并不是像我想像的那样...
[程式范例]:
目前找到的是下列三个Package:
genetics
GenABEL
SNPassoc
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 27.105.51.242
2F：→ popmentos:最近帮人用这个程式架网站，它的底层是用 R 写的 07/12 23:41
3F：→ ching0629:感谢,我试用看看 07/13 19:00
4F：→ gsuper:自己算真的超累... LD,检定,permutation... 07/17 20:16