作者gsuper (統計的巴比倫塔)
看板Statistics
標題[問題] odds ratio p value 算出來跟 paper 差多
時間Mon Dec 6 22:49:27 2010
Control Case
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normal 363 372
RISK 463 536
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PAPER 上給的
(NATURE GENETIC)
P-value = 0.10 ,
OR = 1.12
我用了幾個方法去計算
odds ratio 雖然都差不多
但 P-Value 卻很不一樣
方法一:
chisq.test()
X-squared = 1.4507, df = 1,
p-value = 0.2284
方法二:
fisher.test()
OR = 1.129578
p-value = 0.2239
方法三:
oddsratio() ### epitools package
midp.exact fisher.exact chi.square
0.2107117 0.2239077 0.2101619
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Paper 上用的方法是 chi-square test for likelihood
P-value 差 0.10 好像不太正常
如果不是 PAPER 計算錯誤的話...
請問是有甚麼特殊的算法能把 P-value 算得很小嗎?
P.S Nature genetic 是很有名的期刊 , 應該不至於算錯吧?
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◆ From: 140.113.239.247
※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (12/06 22:51)
※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (12/06 22:52)
1F：→ yhliu:可能 paper 中算的是 one-sided 對立假說之 p-value 而你算 12/06 22:53
2F：→ yhliu:的是 two-sided? 12/06 22:54
我剛剛有考慮過 , 但是單尾雙尾應該只會影響 threshold
而不會影響到 P-value 不是嗎? (我不太確定)
確實我是 two-side test
※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (12/06 22:56)
3F：→ yhliu:無論如何, 那樣的 p 值應該不夠小吧? 12/06 22:55
我們在收集許多篇 paper 的資料
因此在 buttom line 上
P-value 先以 0.10 為底線而已
※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (12/06 22:57)
QQ , Yhliu 大大是正確的
改成單尾 p-value 確實會少一半
> fisher.test(x,alternative="greater")
Fisher's Exact Test for Count Data
data: x
p-value =
0.1142
謝謝您的幫助
※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (12/06 23:01)