作者gsuper (统计的巴比伦塔)
看板Statistics
标题[问题] odds ratio p value 算出来跟 paper 差多
时间Mon Dec 6 22:49:27 2010
Control Case
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normal 363 372
RISK 463 536
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PAPER 上给的
(NATURE GENETIC)
P-value = 0.10 ,
OR = 1.12
我用了几个方法去计算
odds ratio 虽然都差不多
但 P-Value 却很不一样
方法一:
chisq.test()
X-squared = 1.4507, df = 1,
p-value = 0.2284
方法二:
fisher.test()
OR = 1.129578
p-value = 0.2239
方法三:
oddsratio() ### epitools package
midp.exact fisher.exact chi.square
0.2107117 0.2239077 0.2101619
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Paper 上用的方法是 chi-square test for likelihood
P-value 差 0.10 好像不太正常
如果不是 PAPER 计算错误的话...
请问是有甚麽特殊的算法能把 P-value 算得很小吗?
P.S Nature genetic 是很有名的期刊 , 应该不至於算错吧?
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.113.239.247
※ 编辑: gsuper 来自: 140.113.239.247 (12/06 22:51)
※ 编辑: gsuper 来自: 140.113.239.247 (12/06 22:52)
1F：→ yhliu:可能 paper 中算的是 one-sided 对立假说之 p-value 而你算 12/06 22:53
2F：→ yhliu:的是 two-sided? 12/06 22:54
我刚刚有考虑过 , 但是单尾双尾应该只会影响 threshold
而不会影响到 P-value 不是吗? (我不太确定)
确实我是 two-side test
※ 编辑: gsuper 来自: 140.113.239.247 (12/06 22:56)
3F：→ yhliu:无论如何, 那样的 p 值应该不够小吧? 12/06 22:55
我们在收集许多篇 paper 的资料
因此在 buttom line 上
P-value 先以 0.10 为底线而已
※ 编辑: gsuper 来自: 140.113.239.247 (12/06 22:57)
QQ , Yhliu 大大是正确的
改成单尾 p-value 确实会少一半
> fisher.test(x,alternative="greater")
Fisher's Exact Test for Count Data
data: x
p-value =
0.1142
谢谢您的帮助
※ 编辑: gsuper 来自: 140.113.239.247 (12/06 23:01)