第一階段 五年五百億「發展國際一流大學及頂尖研究中心計畫」 國立大學：國立臺灣大學、國立交通大學、國立清華大學、國立成功大學、 國立陽明大學、國立中山大學、國立中央大學、國立中興大學、 國立政治大學、國立臺灣科技大學 私立大學：元智大學、長庚大學 頂尖研究中心：國立臺灣海洋大學、國立中正大學、國立台灣師範大學 中原大學、台北醫學大學 第二階段 五年五百億「發展國際一流大學及頂尖研究中心計畫」 國立大學：國立臺灣大學、國立交通大學、國立清華大學、國立成功大學、 國立陽明大學、國立中山大學、國立中央大學、國立中興大學、 國立政治大學、國立臺灣科技大學 私立大學：長庚大學 頂尖研究中心：國立臺灣海洋大學、元智大學、高雄醫學大學、中原大學 2005年獎勵大學教學卓越計畫（師範院校另案補助） 國立大學：國立東華大學、國立暨南國際大學、國立臺北藝術大學、 國立臺灣海洋大學 私立大學：中原大學、世新大學、東吳大學、東海大學、逢甲大學、 輔仁大學、高雄醫學大學 2006年獎勵大學教學卓越計畫 國立大學：國立中正大學、國立東華大學、國立高雄大學、國立聯合大學、 國立高雄師範大學、國立新竹教育大學、國立臺南大學、 國立臺南藝術大學、國立暨南國際大學、國立臺灣師範大學、 國立臺灣海洋大學、國立嘉義大學、國立臺北藝術大學 私立大學：大葉大學、中原大學、中國醫藥大學、世新大學、玄奘大學、亞洲大學、 東吳大學、東海大學、淡江大學、逢甲大學、華梵大學、臺北醫學大學、 輔仁大學、靜宜大學 2007年獎勵大學教學卓越計畫（藝術及體育類大學另案補助） 國立大學：國立中正大學、國立東華大學、國立高雄大學、國立聯合大學、 國立高雄師範大學、國立新竹教育大學、國立彰化師範大學、 國立暨南國際大學、國立臺灣師範大學、 國立臺灣海洋大學 私立大學：大同大學、中原大學、中國醫藥大學、世新大學、玄奘大學、 亞洲大學、東吳大學、東海大學、高雄醫學大學、淡江大學、 逢甲大學、華梵大學、義守大學、臺北醫學大學、 輔仁大學、靜宜大學 近年從未獲得任何大型補助計畫之大學： 國立大學：國立台北大學、國立宜蘭大學、國立臺東大學、台北市立教育大學、 國立臺北教育大學、國立臺中教育大學、國立屏東教育大學、 國立花蓮教育大學 私立大學：中國文化大學、銘傳大學、實踐大學、中華大學、真理大學、 南華大學、慈濟大學、中山醫學大學、長榮大學、開南大學、 佛光大學、明道大學、致遠管理學院、立德管理學院、 興國管理學院、稻江科技暨管理學院 --

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