第一阶段 五年五百亿「发展国际一流大学及顶尖研究中心计画」 国立大学：国立台湾大学、国立交通大学、国立清华大学、国立成功大学、 国立阳明大学、国立中山大学、国立中央大学、国立中兴大学、 国立政治大学、国立台湾科技大学 私立大学：元智大学、长庚大学 顶尖研究中心：国立台湾海洋大学、国立中正大学、国立台湾师范大学 中原大学、台北医学大学 第二阶段 五年五百亿「发展国际一流大学及顶尖研究中心计画」 国立大学：国立台湾大学、国立交通大学、国立清华大学、国立成功大学、 国立阳明大学、国立中山大学、国立中央大学、国立中兴大学、 国立政治大学、国立台湾科技大学 私立大学：长庚大学 顶尖研究中心：国立台湾海洋大学、元智大学、高雄医学大学、中原大学 2005年奖励大学教学卓越计画（师范院校另案补助） 国立大学：国立东华大学、国立暨南国际大学、国立台北艺术大学、 国立台湾海洋大学 私立大学：中原大学、世新大学、东吴大学、东海大学、逢甲大学、 辅仁大学、高雄医学大学 2006年奖励大学教学卓越计画 国立大学：国立中正大学、国立东华大学、国立高雄大学、国立联合大学、 国立高雄师范大学、国立新竹教育大学、国立台南大学、 国立台南艺术大学、国立暨南国际大学、国立台湾师范大学、 国立台湾海洋大学、国立嘉义大学、国立台北艺术大学 私立大学：大叶大学、中原大学、中国医药大学、世新大学、玄奘大学、亚洲大学、 东吴大学、东海大学、淡江大学、逢甲大学、华梵大学、台北医学大学、 辅仁大学、静宜大学 2007年奖励大学教学卓越计画（艺术及体育类大学另案补助） 国立大学：国立中正大学、国立东华大学、国立高雄大学、国立联合大学、 国立高雄师范大学、国立新竹教育大学、国立彰化师范大学、 国立暨南国际大学、国立台湾师范大学、 国立台湾海洋大学 私立大学：大同大学、中原大学、中国医药大学、世新大学、玄奘大学、 亚洲大学、东吴大学、东海大学、高雄医学大学、淡江大学、 逢甲大学、华梵大学、义守大学、台北医学大学、 辅仁大学、静宜大学 近年从未获得任何大型补助计画之大学： 国立大学：国立台北大学、国立宜兰大学、国立台东大学、台北市立教育大学、 国立台北教育大学、国立台中教育大学、国立屏东教育大学、 国立花莲教育大学 私立大学：中国文化大学、铭传大学、实践大学、中华大学、真理大学、 南华大学、慈济大学、中山医学大学、长荣大学、开南大学、 佛光大学、明道大学、致远管理学院、立德管理学院、 兴国管理学院、稻江科技暨管理学院 --

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