作者jezi1878 (小天使)
看板R_Language
標題[問題] 如何求出一萬個相關係數，並存檔
時間Tue Jun 16 01:31:06 2020
[問題類型]:
程式諮詢(我想用R 做某件事情，但是我不知道要怎麼用R 寫出來)
[軟體熟悉度]:
入門(寫過其他程式，只是對語法不熟悉)
[問題敘述]:
假設我在NCBI下載一組公開資料如下圖所示
https://i.imgur.com/gnlScqk.png
我想以紅色row為標準，與其他gene跑 pearson r
想要最後呈現結果如下圖，可以存檔起來
https://i.imgur.com/uCglqtf.png
單跑一個pearson r 沒有問題
但是要一次跑1萬個相關，並可依想要格式存檔起來
我就卡住了。
我知道可以跑迴圈，或是用apply來跑，但是總是寫不出來。
只好求助各位幫忙指點迷津
[程式範例]:
GSE97300 <- readRDS("D:/my_data.rds")
gene_name <- GSE97300$ID_REF
Top_gene<- as.numeric(GSE97300[1,-1])
test_gene<-as.numeric(GSE97300[i,-1])
pearson_R<-cor.test(Top_gene,
test_gene,
alternative = "two.sided",
method = "pearson",
exact = NULL,
conf.level = 0.95,
continuity = FALSE)
[環境敘述]:
請提供 sessionInfo() 的輸出結果，
裡面含有所有你使用的作業系統、R 的版本和套件版本資訊，
R version 4.0.0 (2020-04-24) -- "Arbor Day"
Copyright (C) 2020 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
[關鍵字]:
迴圈、Apply
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1F：→ andrew43: for look即可。留意記憶空間預先分配並避免一直改寫 06/16 02:11
3F：→ andrew43: 訂正 *loop* 非 look 06/16 02:22
4F：→ jezi1878: 感謝，成功跑出來了 06/16 12:39