作者jezi1878 (小天使)
看板R_Language
标题[问题] 如何求出一万个相关系数，并存档
时间Tue Jun 16 01:31:06 2020
[问题类型]:
程式谘询(我想用R 做某件事情，但是我不知道要怎麽用R 写出来)
[软体熟悉度]:
入门(写过其他程式，只是对语法不熟悉)
[问题叙述]:
假设我在NCBI下载一组公开资料如下图所示
https://i.imgur.com/gnlScqk.png
我想以红色row为标准，与其他gene跑 pearson r
想要最後呈现结果如下图，可以存档起来
https://i.imgur.com/uCglqtf.png
单跑一个pearson r 没有问题
但是要一次跑1万个相关，并可依想要格式存档起来
我就卡住了。
我知道可以跑回圈，或是用apply来跑，但是总是写不出来。
只好求助各位帮忙指点迷津
[程式范例]:
GSE97300 <- readRDS("D:/my_data.rds")
gene_name <- GSE97300$ID_REF
Top_gene<- as.numeric(GSE97300[1,-1])
test_gene<-as.numeric(GSE97300[i,-1])
pearson_R<-cor.test(Top_gene,
test_gene,
alternative = "two.sided",
method = "pearson",
exact = NULL,
conf.level = 0.95,
continuity = FALSE)
[环境叙述]:
请提供 sessionInfo() 的输出结果，
里面含有所有你使用的作业系统、R 的版本和套件版本资讯，
R version 4.0.0 (2020-04-24) -- "Arbor Day"
Copyright (C) 2020 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
[关键字]:
回圈、Apply
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc), 来自: 49.216.87.230 (台湾)
※ 文章网址: https://webptt.com/cn.aspx?n=bbs/R_Language/M.1592242268.A.CF4.html
1F：→ andrew43: for look即可。留意记忆空间预先分配并避免一直改写 06/16 02:11
3F：→ andrew43: 订正 *loop* 非 look 06/16 02:22
4F：→ jezi1878: 感谢，成功跑出来了 06/16 12:39