作者cywhale (cywhale)
看板R_Language
標題[問題] sendmailR/mailR on shiny server當掉
時間Tue Jul 28 16:20:54 2015
[問題類型]:
程式諮詢(我想用R 做某件事情，但是我不知道要怎麼用R 寫出來)
[軟體熟悉度]:
請把以下不需要的部份刪除
使用者(已經有用R 做過不少作品)
[問題敘述]:
請簡略描述你所要做的事情，或是這個程式的目的
我想在shiny server上讓client端的使用者可以寄送email給我..
不論是使用sendmailR or mailR套件，在win8.1 Rstudio(or run on browser)
執行shiny::runApp 按下apply_send這個actionbutton，都可以正確寄出、收到email
沒問題
但當我將整個shiny app 架在centos系統下的shiny server上時，
若使用sendmailR 套件，這個app其他功能都沒問題，但當按下apply_send這個
actionbutton就會掛掉
若使用mailR 套件，這個app變得無法執行，一開始就掛掉。錯誤訊息跟上面用
sendmailR掛掉時的訊息一樣，都是這樣的訊息視窗：
"The application unexpectedly exited
Diagostic information has been dumped to the JavaScript error console"
若在browser上按F12看console是否有錯誤訊息，則發現它在發生上述錯誤當掉後，又
重新執行server.R一開始library() 那些敘述，然後就hold住。
我在centos這個shiny server上過去跑過幾個app都沒問題，但這次遇到這樣的錯誤，
google了一些相關sendmailR or mailR網友問答，嘗試後仍然找不出問題根源。
我目前試著在centos上灌rstudio-desktop想一步步debug，但奇妙的是，也一直灌不起來
Orz..
不管是用 rpm -Uvh rstudio-0.99.467-x86_64.rpm
錯誤：相依性偵測失敗：
libR.so()(64bit) 被 rstudio-0.99.467-1.x86_64 所需要
libc.so.6(GLIBC_2.14)(64bit) 被 rstudio-0.99.467-1.x86_64 所需要
libc.so.6(GLIBC_2.15)(64bit) 被 rstudio-0.99.467-1.x86_64 所需要
libstdc++.so.6(GLIBCXX_3.4.15)(64bit) 被 rstudio-0.99.467-1.x86_64 所需
或者 install from git (follow steps:
https://goo.gl/KmdIVu
卡在 Qt5Webkit這個裝不起來
錯誤：
CMake Error at src/cpp/desktop/CMakeLists.txt:80 (find_package):
By not providing "FindQt5WebKit.cmake" in CMAKE_MODULE_PATH this project
has asked CMake to find a package configuration file provided by
"Qt5WebKit", but CMake did not find one.
我還在持續嘗試中... 不知道有無先進，在這幾個問題癥結上，曾經有過嘗試，或遇過
類似的問題，可以指引一個可能可以試看看的方向...謝謝
以下是部分 sendmailR and mailR code in server.R，
這部分在win8.1環境下並無任何問題...
[程式範例]:
...
library(rJava)
#library(sendmailR)
library(mailR)
observeEvent(input$apply_send,{
if (input$apply_send == 0)
return(NULL)
...
isolate ({
# sendmail(from=from,to=to,subject=subject,msg=body,
# control=list(smtpServer="ASPMX.L.GOOGLE.COM",smtpPort="25"))
send.mail(from = from,
to = to,
subject=subject,
body = input$apply_msg,
smtp = list(host.name = "aspmx.l.google.com", port = 25),
authenticate = FALSE, send = TRUE))
})
})
[環境敘述]:
請提供 sessionInfo() 的輸出結果，
裡面含有所有你使用的作業系統、R 的版本和套件版本資訊，
讓版友更容易找出錯誤
CentOS release 6.5 (Final)
sessionInfo()
R version 3.2.0 (2015-04-16)
Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)
Running under: CentOS release 6.5 (Final)
locale:
[1] LC_CTYPE=zh_TW.UTF-8 LC_NUMERIC=C
[3] LC_TIME=zh_TW.UTF-8 LC_COLLATE=zh_TW.UTF-8
[5] LC_MONETARY=zh_TW.UTF-8 LC_MESSAGES=zh_TW.UTF-8
[7] LC_PAPER=zh_TW.UTF-8 LC_NAME=C
[9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C
[11] LC_MEASUREMENT=zh_TW.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
[關鍵字]:
shiny server, sendmailR, mailR, CentOS
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1F：→ obarisk: java版本問題，可能要用oracle java 07/28 17:48
2F：→ cywhale: Thanks for the keyword, I'll try it tomorrow! 07/28 21:31
3F：→ Wush978: 建議: shiny-server的error log也可以看一看，也許有關鍵 07/28 22:57
4F：→ cywhale: 換oracle jdk 1.8 R CMD javareconf ok 但情況依舊啊QQ 07/29 22:52
5F：→ cywhale: Wush兄 error log和F12看到的訊息一樣沒有提供較多資訊>< 07/29 22:53
6F：→ cywhale: 有人知道install rstudio這幾個dependency該如何解? 甘溫 07/29 22:55
7F：→ obarisk: centos不熟啊，要不要直接用docker比較快 07/30 20:29
8F：→ cywhale: I don't like CentOS but docker is all new for me.. 07/30 21:36
9F：→ cywhale: by the way, finally I fixed the error of shiny app 07/30 21:37
10F：→ cywhale: But still cannot install rstudio correctly 07/30 21:38