作者zha0 (這個帳號是掛網用)
看板Python
標題[問題] DNA 問題
時間Sun Jun 26 14:49:55 2016
我只有一個很簡單的問題想請教 XD
但我不知 python 有什麼 library 好用, 一直不想自己寫,
因為覺得會有 library 可以直接做掉 .
如果我有 1,2,3,4…9 , 把他想成 TGAC 的排序組合,
然後有多串 TGGAGGCAATGGCGGCCAGCA, GACTCCTCCTCCTCCTGCTCA...
那我要怎麼比出二串中所有一樣的 sequence
感謝
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1F：推 ccwang002: seqeunce alignment 不簡單啊…我不懂是兩串還是多串 06/26 16:01
2F：→ ccwang002: 就兩串而言，global 或 local alignment 用不同演算法 06/26 16:09
3F：→ ccwang002: 分別是 Needleman-Wunsch 及 Smith–Waterman 06/26 16:10
4F：→ ccwang002: Python 的話可以用 skbio.alignment 底下的功能 06/26 16:17
5F：→ ccwang002: 不考慮 gap 的話，內建 difflib.SequenceMatcher 即可 06/26 16:27
6F：→ Neisseria: 如果有很多序列，跑 BLAST 比較快，然後再慢慢過濾 06/26 19:20
7F：→ Neisseria: BLAST 可以下載程式，在本地端跑 06/26 19:21