作者zha0 (这个帐号是挂网用)
看板Python
标题[问题] DNA 问题
时间Sun Jun 26 14:49:55 2016
我只有一个很简单的问题想请教 XD
但我不知 python 有什麽 library 好用, 一直不想自己写,
因为觉得会有 library 可以直接做掉 .
如果我有 1,2,3,4…9 , 把他想成 TGAC 的排序组合,
然後有多串 TGGAGGCAATGGCGGCCAGCA, GACTCCTCCTCCTCCTGCTCA...
那我要怎麽比出二串中所有一样的 sequence
感谢
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1F：推 ccwang002: seqeunce alignment 不简单啊…我不懂是两串还是多串 06/26 16:01
2F：→ ccwang002: 就两串而言，global 或 local alignment 用不同演算法 06/26 16:09
3F：→ ccwang002: 分别是 Needleman-Wunsch 及 Smith–Waterman 06/26 16:10
4F：→ ccwang002: Python 的话可以用 skbio.alignment 底下的功能 06/26 16:17
5F：→ ccwang002: 不考虑 gap 的话，内建 difflib.SequenceMatcher 即可 06/26 16:27
6F：→ Neisseria: 如果有很多序列，跑 BLAST 比较快，然後再慢慢过滤 06/26 19:20
7F：→ Neisseria: BLAST 可以下载程式，在本地端跑 06/26 19:21