※ 引述《penx (...)》之銘言： : ※ 引述《piimaila (haha)》之銘言： : 就我之前的經驗，用Gold這個程式(沒記錯應該是GA的演算法) : 加上SGI-3900 32顆CPU全速作平行運算的話 : 一顆CPU一天大約可以docking一萬個小分子 : 印象中，好像一星期可以做完200萬個分子吧@@ 恩, 如果使用優化的Autodock vina, CPU E6700, RAM 4G 一天約有8000~10000左右的水準 我幫忙架過的vHTS cluster 可以到10萬~100萬/day以上 價格也不貴 比起一台SGI應該便宜很多 電腦我出 電我出 網路費我出 使用者只要登入 只要上傳 receptor.pdbqt receptor.conf 選定 ligand_sets(zdd, standard_lead_like..etc) 基本上 就可以取得N個分數最高(自由能最低)的小分子 當然 是蠻好賺的 畢竟別人不用買高檔伺服器 可以說是雙贏 當然 我 發案人 發案人的見笑轉生氣的教授 有段故事 雖然令人感嘆 但是 發案人也畢業了 我也拿到錢了 教授也升等了 看到我寫的電腦規格 也大概知道那是陳年舊事了 我就不太想提了 但是, 我有個疑問 為啥要這麼多小分子(ligand)? 我知道很多人都用ZINC Clean甚至於ZINC Standard 但是 為啥要用這麼多小分子 很多小分子根本不能吃不是? 總不可能病醫好了人死了? 為啥不使用 zdd, tcm等 擺明可以讓人吞下去的資料庫? 這是我一直以來的疑問 -- --

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