※ 引述《penx (...)》之铭言： : ※ 引述《piimaila (haha)》之铭言： : 就我之前的经验，用Gold这个程式(没记错应该是GA的演算法) : 加上SGI-3900 32颗CPU全速作平行运算的话 : 一颗CPU一天大约可以docking一万个小分子 : 印象中，好像一星期可以做完200万个分子吧@@ 恩, 如果使用优化的Autodock vina, CPU E6700, RAM 4G 一天约有8000~10000左右的水准 我帮忙架过的vHTS cluster 可以到10万~100万/day以上 价格也不贵 比起一台SGI应该便宜很多 电脑我出 电我出 网路费我出 使用者只要登入 只要上传 receptor.pdbqt receptor.conf 选定 ligand_sets(zdd, standard_lead_like..etc) 基本上 就可以取得N个分数最高(自由能最低)的小分子 当然 是蛮好赚的 毕竟别人不用买高档伺服器 可以说是双赢 当然 我 发案人 发案人的见笑转生气的教授 有段故事 虽然令人感叹 但是 发案人也毕业了 我也拿到钱了 教授也升等了 看到我写的电脑规格 也大概知道那是陈年旧事了 我就不太想提了 但是, 我有个疑问 为啥要这麽多小分子(ligand)? 我知道很多人都用ZINC Clean甚至於ZINC Standard 但是 为啥要用这麽多小分子 很多小分子根本不能吃不是? 总不可能病医好了人死了? 为啥不使用 zdd, tcm等 摆明可以让人吞下去的资料库? 这是我一直以来的疑问 -- --

※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc), 来自: 220.134.23.142 ※ 文章网址: http://webptt.com/cn.aspx?n=bbs/Pharmacy/M.1398175890.A.D2A.html