作者sealoe (不买美债=人权倒退XD)
看板Pharmacy
标题Re: [新闻] 计算机辅助药物设计高效低耗
时间Tue Apr 22 22:11:27 2014
※ 引述《penx (...)》之铭言:
: ※ 引述《piimaila (haha)》之铭言:
: 就我之前的经验,用Gold这个程式(没记错应该是GA的演算法)
: 加上SGI-3900 32颗CPU全速作平行运算的话
: 一颗CPU一天大约可以docking一万个小分子
: 印象中,好像一星期可以做完200万个分子吧@@
恩, 如果使用优化的Autodock vina, CPU E6700, RAM 4G
一天约有8000~10000左右的水准 我帮忙架过的vHTS cluster
可以到10万~100万/day以上 价格也不贵 比起一台SGI应该便宜很多
电脑我出 电我出 网路费我出 使用者只要登入 只要上传
receptor.pdbqt receptor.conf 选定 ligand_sets(zdd, standard_lead_like..etc)
基本上 就可以取得N个分数最高(自由能最低)的小分子
当然 是蛮好赚的 毕竟别人不用买高档伺服器 可以说是双赢
当然 我 发案人 发案人的见笑转生气的教授 有段故事 虽然令人感叹
但是 发案人也毕业了 我也拿到钱了 教授也升等了
看到我写的电脑规格 也大概知道那是陈年旧事了 我就不太想提了
但是, 我有个疑问 为啥要这麽多小分子(ligand)?
我知道很多人都用ZINC Clean甚至於ZINC Standard
但是 为啥要用这麽多小分子 很多小分子根本不能吃不是?
总不可能病医好了人死了?
为啥不使用 zdd, tcm等 摆明可以让人吞下去的资料库?
这是我一直以来的疑问
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1F:推 tingvictor :我以前实验室老师有用...然後丢一些很难合的结构给我 04/23 20:10
2F:→ sealoe :有点好奇 现在台湾有哪个实验室还有在做这? 04/23 21:22